با وجود انتقاد برخی از نزدیکان رهبر جمهوری اسلامی از تصویب طرح اجرای برجام در مجلس، رئیس مجلس پرونده اتمی ایران را «پرونده رهبر» خواند و گفت که این طرح «با کلان کشور و نظام هماهنگ شده بود». آقای لاریجانی گفت: «من در رسیدگی به پرونده هسته‌ای دخالتی ندارم. این پرونده، پرونده رهبر معظم انقلاب است».