همزمان با تصویب کلیات برنامه ششم توسعه در کمیسیون تلفیق مجلس، دو نماینده خبر دادند که رئیس مجلس در نامه‌ای به رهبر جمهوری اسلامی، با اعلام اینکه «لایحه دولت شکل برنامه ندارد»، نظر آیت‌الله خامنه‌ای را جویا شده است.
به گزارش خبرگزاری ایسنا، بهروز نعمتی سخنگوی هیئت رئیسه مجلس، روز یکشنبه ۱۱ مهر، خبر داد که رئیس مجلس نامه‌ای به رهبر جمهوری اسلامی درباره «تعیین تکلیف» برنامه ششم توسعه نوشته است.
به گفته آقای نعمتی، علی لاریجانی در این نامه اعلام کرده که «لایحه دولت شکل برنامه ندارد».
در همین زمینه به گزارش خبرگزاری فارس، حسینعلی حاجی‌دلیگانی نماینده شاهین شهر در مجلس، نیز خبر داد که علی لاریجانی در این نامه اعلام کرده که «دولت لایحه برنامه ششم را به مجلس ارائه نکرده و تنها تعدادی از احکام مورد نیاز برنامه را ارائه کرده است».
به گفته آقای حاجی دلیگانی، آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به نامه رئیس مجلس اعلام کرده که «ترجیحاً باید دولت لایحه برنامه ششم را ارائه کند و اگر چنین نشد مجلس خود می‌تواند لایحه احکام برنامه ششم را در قالب برنامه تکمیل کند».
دولت حسن روحانی در مجلس نهم لایحه برنامه ششم توسعه را به مجلس ارسال کرده و کمیسیون تلفیق بررسی این لایحه نیز به ریاست غلامرضا مصباحی مقدم نماینده وقت تهران، تشکیل شده بود.
با این حال این لایحه در مجلس نهم به تصویب نرسید.
در آن زمان هم تعدادی از نمایندگان مجلس نهم به لایحه ارائه شده از سوی دولت اعتراض کرده بودند.
از جمله احمد توکلی نماینده وقت تهران، گفته بود که دولت عملاً لایحه برنامه ششم توسعه را به مجلس «ارائه نداده» و تنها تعدادی از احکام برنامه را به مجلس ارائه کرده است.
در این زمینه علی لاریجانی رئیس مجلس، نیز اول شهریور امسال گفته بود که «اشکالات شکلی در لایحه برنامه توسعه وجود دارد که مقرر شده حل شود».
با وجود این انتقادها، حمیدرضا حاجی بابایی، رئیس کمیسیون تلفیق برنامه ششم توسعه، خبر داد که ۲۷ عضو از ۲۸ عضو این کمیسیون به لایحه برنامه ششم توسعه رأی مثبت داده‌اند.
این موضوع با استقبال محمد باقر نوبخت، رئیس سازمان برنامه و بودجه، روبه‌رو شده و او تصویب کلیات لایحه برنامه ششم را «دومین گام مجلس در همکاری با دولت» خواند.
