آیت الله علی خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی، در بیانیه ای درگذشت آیت الله حسین علی منتظری را تسلیت گفت.
آقای خامنه ای در این پیام به اختلافات آقای منتظری با آیت الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی اشاره کرده و نوشته است: " در اواخر دوران حیات مبارك امام راحل امتحانی دشوار و خطیر، پیش آمد كه از خداوند متعال میخواهم آن را با پوشش مغفرت و رحمت خویش بپوشاند و ابتلائات دنیوی را كفارهی آن قرار دهد." (پایان نقل قول)
آقای منتظری که در سال ۱۳۶۴ بعنوان جانشین آیت الله خمینی برگزیده شده بود، از اواسط دهه شصت خورشیدی به خاطر انتقاد از کشتار گسترده زندانیان سیاسی از این سمت برکنار شد.
وی در سال ۱۳۷۶ نیز به خاطر مخالفت با اعلام مرجعیت آقای خامنه ای به مدت ۵ سال در خانه خود زندانی شد.