بر اساس مأموریتی که برای نیروی دریایی سپاه پاسداران در خلیج فارس تعیین شده است، این نیرو خلیج فارس را به پنج منطقه جداگانه تقسیم کرده و در هر یک از این مناطق یک منطقه دریایی ایجاد کرده و در هر یک از این مناطق نیز پایگاه‌های دریایی کوچکتری تأسیس شده‌اند.
در هر یک از این مناطق پنجگانه علاوه بر شناورهای سریع‌السیر، یگان موشکی ساحل به دریا، گروه های پدافند ضد هوایی مستقل، یگان ویژه، یگان‌های تکاور و تفنگدار مستقر هستند.
پنج منطقه دریایی سپاه عبارتند از:
منطقه اول دریایی سپاه: منطقه اول دریایی سپاه موسوم به منطقه صاحب الزمان در بندرعباس مستقر است. این منطقه دریایی، نزدیکترین یگان دریایی سپاه به تنگه هرمز به شمار می‌رود و مسئولیت اصلی آن عملیات دفاعی و آفندی در محدوده تنگه هرمز است. علیرضا تنگسیری فرمانده کنونی نیروی دریایی سپاه، پیش از آنکه در سال ۱۳۸۹ به جانشینی فرمانده نیرو منصوب شود، فرمانده منطقه یکم دریایی سپاه بود.
منطقه دوم دریایی سپاه: منطقه دوم دریایی سپاه در بندر بوشهر مستقر و معروف به منطقه دوم نوح نبی است. مأموریت اصلی منطقه دوم دریایی سپاه، حفاظت از جزیره خارک و استمرار صادرات نفت ایران است. توقیف قایق حامل ۱۰ تفنگدار آمریکایی در سال ۹۴ در نزدیکی جزیره فارسی در محدوده عملیاتی این منطقه دریایی رخ داد و علی رزمجو فرمانده این منطقه از جمله فرماندهانی بود که به همین دلیل از آیت‌الله خامنه‌ای نشان فتح دریافت کرد.
منطقه سوم دریایی سپاه: منطقه سوم دریایی سپاه موسوم به منطقه امام حسین در بندر ماهشهر در شمال خلیج فارس قرار دارد و محدوده عملیاتی آن از ماهشهر تا اروند یعنی آب‌های ساحلی استان خوزستان است. پایگاه اروندکنار از جمله مهم‌ترین پایگاه‌های تابع این منطقه است.
منطقه چهارم دریایی سپاه: منطقه چهارم نیروی دریایی سپاه موسوم به ثارالله در عسلویه قرار دارد و منطقه حد فاصل منطقه اول (بندرعباس) و منطقه دوم (بوشهر) از جزیره کیش تا رأس مطاف را پوشش می‌دهد. این منطقه تا سال ۱۳۸۹ یک پایگاه دریایی بود اما در این سال به لحاظ سازمانی به سطح منطقه دریایی ارتقا پیدا کرد.
با ایجاد منطقه چهارم ثارالله نیروی دریایی سپاه در عسلویه، حفاظت از ۳۵۰ کیلومتر مرز آبی از جزیره کیش در استان هرمزگان تا رأس مطاف در استان بوشهر به این منطقه اختصاص داده شده است. استراتژیک بودن منطقه گازی پارس جنوبی و حساسیت مسئولان ایران روی این منطقه اقتصادی، یکی از دلایل ارتقای پایگاه دریایی ثارالله عسلویه به منطقه چهارم سپاه اعلام شده است.
منطقه پنجم دریایی سپاه: منطقه پنجم که آخرین منطقه دریایی تشکیل شده از سوی سپاه است، از تقسیم محدوده عملیاتی منطقه یک ایجاده شده است. بنا بر گفته علی فدوی، فرمانده پیشین نیروی دریایی سپاه، به دلیل اهمیت تنگه هرمز، این تنگه به طور خاص به عنوان تنها محدوده مأموریت منطقه یکم تعریف شده و جزایر چهارگانه ابوموسی، تنب بزرگ و کوچک، و سیری از محدوده منطقه یکم خارج و با تشکیل منطقه پنجم به آن منطقه سپرده شده است.
منطقه پنجم در سال ۱۳۹۱ تأسیس شد و به منطقه نازعات معروف است. این منطقه در بندر لنگه قرار دارد و حوزه عملیاتی آن از نقطه انتهایی جزیره قشم به اضافه منطقه جزایر چهارگانه تا غرب جزیره کیش است.
تمامی این مناطق پنجگانه زیر نظر فرمانده نیروی دریایی سپاه و قرارگاه خاتم‌الانبیای دو هستند که مهم‌ترین قرارگاه دریایی سپاه در خلیج فارس است.
قرارگاه خاتم‌الانبیای دو سپاه به همراه قرارگاه دریایی خاتم‌الانبیای یک نیروی دریایی ارتش، دو قرارگاه اصلی دریایی ایران در خلیج فارس و دریای عمان هستند و هر دو زیر نظر قرارگاه جنگی خاتم‌الانبیا در تهران عمل می‌کنند که فرماندهی آن با سرلشکر پاسدار غلامعلی رشید است و قرارگاه ارشد و مرکزی تمام قرارگاه‌های نظامی ارتش و سپاه در عرصه‌های هوایی، دریایی و زمینی به شمار می‌رود.