در پی انتشار گزارش‌های غیررسمی درباره سپرده شدن پرونده هسته‌ای ایران به علی شمخانی، سرپرست وزارت امور خارجه ایران مدعی شد چیزی با عنوان «پرونده هسته‌ای» در کار نیست.
علی باقری کنی که در دولت ابراهیم رئیسی مذاکره‌کننده ارشد مذاکرات هسته‌ای با غرب برای احیای برجام بود، روز چهارشنبه ۹ خرداد در گفت‌وگو با خبرنگاران گفت: «ما چیزی به‌اسم پرونده در بحث هسته‌ای نداریم، فعالیت‌های هسته‌ای در چارچوب تدابیر نظام زیر نظر شورای‌عالی امنیت ملی بوده است که همچنان ادامه دارد.»
این در حالی است که سخنگوی وزارت امور خارجه ایران روز دوشنبه از موضع‌گیری درباره انتقال مسئولیت پرونده هسته‌ای ایران به علی شمخانی خودداری کرده و گفته بود: «در خصوص ادعای غیرمستقیم در برخی از شبکه‌ها نکات خاصی برای عرض ندارم».
باقری کنی که معاون سیاسی حسین امیرعبداللهیان بود و بعد از کشته شدن او در سقوط هلی‌کوپتر همراه با ابراهیم رئیسی، به عنوان سرپرست وزارت خارجه منصوب شده است، درباره سفر اخیر وزیر خارجه عمان نیز گفت که طرفین درباره موضوعات مختلف منطقه‌ای و بین‌المللی ازجمله تحولات غزه گفت‌وگو کردند.
عمان سال‌ها از میانجی‌‌های اصلی مذاکرات مستقیم و غیرمستقیم میان ایران و آمریکا بوده است و سایت اکسیوس روز ۲۸ اردیبهشت به نقل از «دو منبع آگاه» نوشت که دو مقام ارشد دولت جو بایدن به طور غیرمستقیم در عمان درباره چگونگی جلوگیری از تشدید درگیری‌های منطقه‌ای با مقام‌های ایرانی گفتگو کردند.
علی باقری کنی بدون اشاره به مذاکرات یاد شده، اعلام کرد که «تبادل پیام‌ها با آمریکا مانند گذشته ادامه دارد و هیچ وقفه‌ای در این مسیر صورت نگرفته است.»
افشاگری رئیس دفتر روحانی علیه شمخانی
بحث بر سر مسئولیت پرونده هسته‌ای ایران در حالی طی روزهای اخیر در مرکز توجه قرار گرفته است که محمود واعظی، رئیس دفتر حسن روحانی در دولت دوم او، روز سه‌شنبه علی شمخانی را متهم کرد خط احیا نشدن برجام را در سال‌های آخر دولت دوازدهم دنبال می‌کرد.
او در این زمینه گفت: «آقای روحانی شخصاً مسأله برجام را دنبال می‌کرد و خیلی مشخص بود، اما اگر دبیرخانه همسو بود، می‌توانست به راحتی حل شود؛ چه بسا می‌توانم بگویم اگر دبیرخانه همسو بود، در دولت دوازدهم امضا می‌شد.»
تلاش‌های دولت آقای روحانی برای به سرانجام رساندن مذاکرات احیای برجام در ابتدای کار دولت جو بایدن ناکام ماند و پیش از این برخی چهره‌های نزدیک به دولت دوازدهم و شخص حسن روحانی مصوبه مجلس یازدهم را در این زمینه موثر می‌دانستند.
قانون «اقدام راهبردی برای لغو تحریم‌ها» در آذر سال ۱۳۹۹ به تصویب مجلس و تایید شورای نگهبان رسید. این قانون دولت حسن روحانی را در میانه مذاکرات اتمی با غرب به آغاز غنی‌سازی اورانیوم با غلظت ۲۰ درصد و تعلیق اجرای پروتکل الحاقی مکلف کرد.
آقای واعظی همچنین در گفت‌وگو با روزنامه اعتماد مدعی شد که رئیس‌جمهور پیشین چند نوبت قصد برکناری شمخانی را داشت، اما میان حسن روحانی و علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در این زمینه «توافق نشد».
در واکنش به این اظهارات، سخنگوی سابق دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی، در گفت‌وگو با نورنیوز، رسانه نزدیک به شمخانی گفت پاسخ به حرف‌های وعظی «مستلزم افشای موضوعاتی است که بدلیل مرتبط بودن با امنیت ملی فعلا امکان تبیین آن وجود ندارد.»
کیوان خسروی بدون اشاره به جزئیات بیشتر افزود علی شمخانی «گفتنی‌های زیادی» درباره پرونده هسته‌ای و برجام دارد که به ادعای او می‌تواند «خدمت‌ها و خیانت‌ها» را روشن کند.
علی شمخانی تا خرداد پارسال به مدت ده سال دبیر شورای عالی امنیت ملی و نماینده خامنه‌ای در این شورا بود. علی‌اکبر احمدیان، از فرماندهان سپاه پاسداران، از آن زمان این سمت را برعهده دارد.
برخی از کاربران شبکه‌های اجتماعی نوشته‌اند که آقای شمخانی از فروردین مسئول این پرونده است و طرح نام او در روزهای اخیر بی‌ارتباط به انتخابات ریاست جمهوری آینده پس از مرگ رئیسی نیست.
