محمدحسین فرهنگی، عضو هیئت رئیسه مجلس، به عنوان مخالف کلیات دولت با اعلام اینکه دولت دوازدهم تفاوت چندانی با دولت قبل ندارد،اضافه کرد: «دولت قبلی در اشتغال، مسکن، مبارزه با فساد، انضباط مالی و اعتباری موفق نبود و در روش‌های تنگ‌نظرانه سیاسی عمل شد»
وی با اشاره به وضعیت فرهنگیان ایرانی گفت: «فرهنگیان عزیز که وظیفه تربیت و تعلیم مدیران آینده کشور و گردانندگی چرخ‌های همه بخش‌های کشور را دارند، از شرایط معیشتی خود گلایه‌مند هستند که این همه در ۱۶ میلیون رای به رقیب و همه کسانی که در انتخابات مشارکت نداشتند، خود را نشان داد».
نماینده تبریز در مجلس معرفی نشدن وزیر زن در دولت دوازدهم را یکی دیگر ایرادهای دولت دوازدهم دانست و در عین حال افزود:«کاهش استفاده از آذری‌ها مشکل جامعه ترک‌هاست. میانگین سنی دولت نیز با دولت گذشته تفاوتی ندارد».
کمپین بین‌المللی حقوق بشر در گزارشی از «سوابق مخدوش» نامزد وزارت ارتباطات و فن‌آوری اطلاعات خبر داده و نوشته‌است که محمد جواد آذری جهرمی، «مسوولیت‌هایی در زمینه امور شنود و استراق سمع» داشته و «بازجویی برخی از زندانیان سابق سیاسی» را برعهده داشته است.
محمد جواد ابطحی، عضو شورای مرکزی فراکسیون نمایندگان ولایی مجلس و از مخالفان کلیات دولت، با اشاره به اینکه «ترکیب تیم اقتصادی، سیاسی و فرهنگی دولت دوازدهم ناهمگون است»افزود: «رئیس‌جمهور نمی‌تواند با این تیم مشکلات کشور را حل کند».
وی همچنین اضافه کرد : «در حالی موافقان دولت از وجود برنامه ششم و اجرای آن توسط دولت سخن می‌گویند که بر اساس آمار تنها ۳۰ درصد برنامه پنجم اجرایی شده است. سوال این است که دولت چه عزمی برای اجرای برنامه ششم دارد؟»
حشمت الله فلاحت پیشه، عضو کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس و از مخالفان کلیات دولت،هم با تاکید بر اینکه دولت و مجلس باید خود را متعهد به اجرای برنامه کلان کشور کنند، گفت که انتظار می‌رفت رئیس‌جمهور در برنامه پیشنهادی‌اش، فکری به حال تحزب، وضعیت بانک‌ها و جلوگیری از رانت‌ها می‌کرد.
حشمت‌الله فلاحت‌پیشه با اعلام اینکه با اکثریت وزرای پیشنهادی موافق است، افزود: اگر مجلس و دولت با هم همراه و همکار نشوند همچون گذشته سیل تذکرات و سوالات از وزرا در مجلس را مشاهده خواهیم کرد.
محمدرضا صباغیان، نماینده یزد و از مخالفان کلیات دولت، برنامه ارائه شده از سوی دولت را «آرمانی» نامید که به توصیف او، «قابل سنجش نیست» و «سنخیت چندانی هم با برنامه ششم ندارد».
وی بااعلام اینکه ایران با «وضعیت تورمی نامناسب، عدم اشتغال و بحران‌هایی روبرو هستیم که کار را برای اقتصاد کشور سخت کرده است» گفت: «در برنامه ارائه شده از سوی دولت باید مشخص شود که در چهار سال آینده به کجا خواهیم رسید».
پس از دفاع حسن روحانی از وزیران پیشنهادی اش، مجلس وارد بررسی کلیات دولت و اظهارات موافقان و مخالفان شد.
حسن روحانی در مورد وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی هم با اعلام اینکه «نباید بگذاریم سلیقه در کشور ما حاکم شود»افزود: «یک آقایی در جایی سلیقه‌ای دارد، برای خودش محترم است. ما باید قانون را اجرا کنیم. اگر هم وزارت ارشاد وظیفه‌ای بر عهده ندارد، این وظیفه مجلس است که آن وظیفه را از ارشاد بگیرد و به شخص دیگری واگذار کند، آن وقت معلوم باشد که ما وظیفه نداریم».
او افزود:«اما زمانی که این وظیفه وزارت ارشاد و دولت است، دولت نظارت برکتاب و فیلم نظارت می‌کند، دولت بر اجرای مسائل هنری در کشور نظات می‌کند، جای دیگر حق نظارت ندارد و اگر هم اینجور مداخلات باشد، بهتر است مجلس این کارها را به همان مداخله‌‌گران واگذار کند و مشخص شود ما وظیفه‌ای بر دوش نداریم».
حسن روحانی همچنین در مورد علیرضا آوایی، وزیر پیشنهادی دادگستری دولت دوازدهم، نیز با اشاره به اینکه معرفی او پس از مذاکره با رئیس قوه قضائیه صورت گرفت، از وی به عنوان یک «شخصیت شناخته شده در بحث قضا» نام برد و اضافه کرد:«هر چه ما از ایشان در همه دوره‌ها شنیده‌ایم حالت اعتدال ایشان بوده است».
علیرضا آوایی، از آغاز انقلاب در سمت‌هایی از جمله دادستان دزفول و اهواز کار کرده است. بعدها ریاست دادگستری چهار استان از جمله لرستان، مرکزی، اصفهان و تهران را بر عهده داشت و در سال ۹۳ هم قاضی دیوان عالی کشور بود. وی در زمان اعتراض ها به نتایج انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸، ریاست دادگستری تهران را بر عهده داشت و همراه با بیش از ۳۰ تن دیگر از مقام های جمهوری اسلامی به دلیل مشارکت در نقض حقوق بشر، بازداشت غیرقانونی، عدم رعایت حقوق زندانیان و افزایش اعدام ها در مهر سال ۹۰ در فهرستی قرار گرفت که از سوی اتحادیه اروپا ممنوع الورود شده بودند.
وی در مورد معرفی مسعود کرباسیان به عنوان وزیر پیشنهادی امور اقتصادی و دارایی، خواستار «مبارزه قاطع» او با پولشویی و فسادهای سازمان یافته در مسائل مالی پولی بانکی شد و در مورد سیستم بانکی هم گفتت:«مقررات زائد و نامناسب در فضای کسب و کار زیاد داریم بخش زیادی حل شده و بخش دیگر را شما باید حل کنید، انضباط مالی در اقتصاد ایران برای ما بسیار مهم است. نظام مالیاتی بسیار مهم است نظام مالیاتی ما به قرن‌های قبل برمی‌گردد. باید معلوم و شفاف شود چقدر درآمد دارم و چقدر مالیات بدهم مبدا و منتهای آن کجاست، از کجا می آورم و به کجا می فرستم، همه اینها شدنی است فشار مالیاتی به مردم نیاوریم از‌آنهایی که مالیات ندادند بگیریم و عدالت مالیات را اجرایی کنیم».