غلامحسین محسنی اژه ای، دادستان کل جمهوری اسلامی در نامه ای به صادق لاریجانی، رئیس قوه قضائیه ی ایران گفته است که مصوبه های شورای عالی انقلاب فرهنگی، از جمله درمورد تغییر اساسنامه دانشگاه آزاد اسلامی، با استناد به امر ولی فقیه، حکم قانون دارد. آقای اژه ای، رای داداگاه عمومی تهران را برخلاف شرع خوانده است. دادگاه عمومی تهران در پی شكايت ِ هيات موسس دانشگاه آزاد اسلامی با نمايندگی عبدالله جاسبی، رئیس این دانشگاه، رای داده بود که شورای عالی انقلاب فرهنگی حق قانون گذاری ندارد. در پی آن، مجلس شورای اسلامی هم، مصوبه شورای عالی انقلاب در مورد دانشگاه آزاد لغو کرد. رای دادگاه عمومی تهران پس از ماه ها اختلاف ميان شوراى عالى انقلاب فرهنگى به ریاست محمود احمدی نژاد و هيئت موسس دانشگاه آزاد صادر شده بود. اکبر هاشمی رفسنجانی از اعضای هیات موسس این دانشگاه است.
