عباسعلی کدخدايی، سخنگوی شورای نگهبان، اعلام کرد که این شورا مصوبه مجلس درباره دانشگاه آزاد را مغایر با شرع و قانون اساسی دانسته است. شورای نگهبان گفته است که برپایه سخنان آیت الله خمینی و آیت الله خامنه ای، مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی حکم قانون دارد و مجلس حق بررسی این گونه مصوبه ها را ندارد. دادگاهی در تهران پبشتر رای داده بود که شورای عالی انقلاب فرهنگی حق قانوگذاری ندارد و قانونگذاری حق مجلس است.
از سوی ديگر اعلام شد که جلسه هيات امنای دانشگاه آزاد برگزار نشده است و اکبر هاشمی رفسنجانی نيز در جلسه مجمع تشخيص مصلحت نظام گفت که آيت الله خامنه ای در «مسئله دانشگاه آزاد برای تحقق قانون مندی و وحدت اقداماتی داشته است.»
از سوی ديگر اعلام شد که جلسه هيات امنای دانشگاه آزاد برگزار نشده است و اکبر هاشمی رفسنجانی نيز در جلسه مجمع تشخيص مصلحت نظام گفت که آيت الله خامنه ای در «مسئله دانشگاه آزاد برای تحقق قانون مندی و وحدت اقداماتی داشته است.»