آيت الله علی خامنه ای خواستار توقف وقف اموال دانشگاه آزاد اسلامی و خودداری از هرگونه اقدام بر پايه اساسنامه جديد اين دانشگاه که در شورای عالی انقلاب فرهنگی به تصويب رسيده است، شد.
بر اساس اطلاعيه ای که هيات موسس دانشگاه آزاد اسلامی منتشر کرده، آيت الله خامنه ای در احکام جداگانه ای خطاب به اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان رئيس هيئت امنای دانشگاه آزاد اسلامی و محمود احمدی نژاد، رئيس شورای عالی انقلاب فرهنگی، فعلاًً خواستار توقف تصرف مبتنی بر وقف دانشگاه آزاد اسلامی و خودداری از هرگونه اقدام مبتنی بر اساسنامه جديد مصوب برای دانشگاه آزاد شده است.
در چند ماه گذشته تصويب اساسنامه جديد دانشگاه آزاد اسلامی در شورای عالی انقلاب فرهنگی از يک سو، و اعلام هيات امنای اين دانشگاه مبنی بر وقف بودن اموال دانشگاه آزاد اسلامی، مجادلات بسياری را در ايران همراه داشته است.
مجلس شورای اسلامی نيز با ورود به اين مجادله، طرحی را برای لغو مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی درباره دانشگاه آزاد به تصويب رساند که با اعتراض و تجمع شماری از هواداران دولت در مقابل مجلس شورای اسلامی همراه شد. مجلس شورای اسلامی يک روز پس از آن تجمع اعتراضی، در روزی خبرساز، به قيد يک فوريت به طرحی رای داد که مصوبه قبلی مجلس را بی اثر می کرد.
شورای نگهبان قانون اساسی، به تازگی، اين مصوبه بحث انگيز مجلس را به دليل مغايرت آن با شرع و قانون اساسی رد کرد.