ميرحسين موسوی و مهدی کروبی، رهبران مخالفان دولت، انفجارهای زاهدان را محکوم و با خانواده کشته شدگان و آسيب ديدگان اين انفجارها ابراز همدردی کردند.
در جريان اين انفجارها که گروه جندالله مسئوليت آنها را بر عهده گرفته است، ۲۸ نفر کشته و بيش از ۳۰۰ نفر زخمی شدند.
مير حسين موسوی در پيام خود با توصيف انفجارهای زاهدان به عنوان « عمليات جنايتکارانه» نوشت که اين اقدام، در راستای اختلاف افکنی بين شيعيان وسنی ها و «حرکتی نفرت انگيز عليه اتحاد ملت بزرگ ايران بوده است.»
اين رهبر مخالفان دولت اشاره کرد که بيگانگان و کسانی که سود آنها در تفرقه بين فرهنگ ها و قوميت ها است، از اينگونه اقدامات بهره می جويند و خواستار هوشياری ايرانيان در مورد اين « توطئه ها» شد.
مهدی کروبی نيز در سخنانی، وقوع حوادثی مانند انفجارهای زاهدان در ايران را « مايه شرمساری و ناراحتی» دانست و ابراز اميدواری کرد که عاملين و آمرين اين حوادث هرچه سريع تر دستگير و محاکمه شوند.
