به گزارش خبرگزاری ایسنا، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری گفته است که نامه برکناری دو رییس دانشگاه را ۵۸ روز پیش از انتشار در حاشیه جلسه هیات دولت دریافت کرده بود و محمود احمدی نژاد از رسانه ای شدن این موضوع ناراضی است.
کامران دانشجو دراین‌باره افزوده است که در همان زمان دیداری به گفته او صمیمانه با رییس جمهوری داشته و از آن زمان تا کنون دستور جدیدی اعم از کتبی یا شفاهی در این رابطه ابلاغ نشده است.
در روزهای پايانی اسفندماه نامه‌ای منتشر شد که در آن محمود احمدی‌نژاد از کامران دانشجو، وزير علوم خواسته بود هرچه سريعتر روسای دانشگاه تربيت مدرس و تهران را از کار برکنار کند.
چندی بعد فرهاد رهبر، رئيس دانشگاه تهران با حضور در يک برنامه تلويزيونی با اشاره به اينکه همچنان رئيس دانشگاه تهران است، گفت دستور برکناری‌اش را نبايد جدی گرفت.
در نامه محمود احمدی نژاد، روسای دانشگاه‌های تهران و تربیت مدرس به داشتن رويکردی «سياست‌زده، غيرعلمی و امنيتی» متهم شده بودند.