آیت الله بیات زنجانی در پیامی به حسن روحانی با تبریک پیروزی او درانتخابات ریاست جمهوری ایران، ابراز امیدواری کرده است که دولت او "حافظ استقلال حوزه ، به ویژه نهاد مرجعیت، از روزمرگی قدرت و سیاست باشد."
آیت الله بیات زنجانی همچنین ابراز امیدواری کرده است که دولت حسن روحانی، قدر عالمان و اندیشمندان را بداند، در برخورد با دگراندیشان، مطابق موازین دین و قوانین کشور رفتار کند، تمام اجزای حاکمیت را از خودکامگی برحذر دارد، حقوق اولیه مردم را به رسمیت بشناسد، از سانسور و تحمیق فکری و ذهنی مردم بپرهیزد، و جمهوریت و اسلامیت نظام را به پای یکدیگر ذبح نکند و فرصت موجود را، نسوزاند.
آیت الله بیات زنجانی همچنین ابراز امیدواری کرده است که دولت حسن روحانی، قدر عالمان و اندیشمندان را بداند، در برخورد با دگراندیشان، مطابق موازین دین و قوانین کشور رفتار کند، تمام اجزای حاکمیت را از خودکامگی برحذر دارد، حقوق اولیه مردم را به رسمیت بشناسد، از سانسور و تحمیق فکری و ذهنی مردم بپرهیزد، و جمهوریت و اسلامیت نظام را به پای یکدیگر ذبح نکند و فرصت موجود را، نسوزاند.