یک روز پس از سخنان آیتالله خامنهای، حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران، روز پنجشنبه تأکید کرد توافقی که اجازه «دسترسی به اسرار علمی و نظامی کشور را بدهد» امضا نخواهد شد.
آقای روحانی در جلسه شورای اداری استان آذربایجان شرقی ضمن تأکید بر اینکه دولت مطیع نظرات آیتالله خامنهای ست گفت: «تحقیق و توسعه خط قرمز ماست و مذاکرهکنندگان به خطوط قرمز واقفاند».
از سوی دیگر مرضیه افخم، سخنگوی وزارت خارجه ایران نیز در واکنش به به اظهارات ماری هارف، سخنگوی وزارت خارجه آمریکا گفت: «تا همه موضوعات مورد نظر جمهوری اسلامی ایران مشخص نشود، ایرانیان هم هیچ توافقی را امضا نخواهند کرد».