در ادامه بیانیه‌های وزارتخانه‌های مختلف دولت حسن روحانی درباره اقداماتشان در پرونده بابک زنجانی، بانک مرکزی ایران هم با صدور بیانیه‌ای از عملکرد خود در این باره دفاع کرد.
در بیانیه بانک مرکزی ایران گفته شده است که این بانک در سال ۱۳۹۴ از بابک زنجانی شکایت کرده اما از بهمن ماه سال ۱۳۹۲ با بازپرس پرونده آقای زنجانی همکاری داشته است.
بانک مرکزی ایران همچنین گفته است که به استعلام‌های مقام‌های قضایی پاسخ داده و در تمام مراحل، اسناد و مدارک لازم را در اختیار آنها قرار داده است.
پیش از بانک مرکزی، وزارتخانه‌های خارجه و اطلاعات ایران نیز از عملکرد خود در پرونده بابک زنجانی دفاع کرده بودند. این بیانیه‌ها پس از انتقادهای صادق لاریجانی، رئیس قوه قضاییه از عملکرد دولت در پرونده بابک زنجانی صادر شده است.