محمد خاتمی، رئیسجمهوری پیشین ایران، در پیام تسلیت خود به مناسبت درگذشت اکبر هاشمی رفسنجانی، او را سیاستمداری توصیف کرد که مورد توجه ویژه آیتالله خمینی بود.
آقای خاتمی در پیام خود که بر روی شبکههای اجتماعی منتشر شده آقای هاشمی را شخصیتی خواند که به گفته وی تنها به دفع خطرها از جمهوری اسلامی و مردم میاندیشید.
رئیسجمهوری پیشین ایران در پیام خود درگذشت آقای هاشمی را به آیتالله خامنهای هم تسلیت گفته است.
به گفته برخی از نزدیکان محمد خاتمی، پس از اعتراضها به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸، رهبر جمهوری اسلامی از دیدار با آقای خاتمی خودداری کرده است.
اعضای تندروجناح اصولگرا، محمد خاتمِی را در کنار میرحسین موسوی، مهدی کروبی و زهرا رهنورد «سران فتنه» مینامند.