محمود احمدی نژاد، رئیس جمهور پیشین ایران، در نامه ای خطاب به ملت ایران، بازداشت حمید بقایی معاون اجرایی دولت خود را «اقدامی غیرقانونی» و «یک ظلم بزرگ» توصیف کرد و با استناد به اصولی از قانون اساسی، از جمله اصل برائت،خواستار آزادی فوری او شد.
محمود احمدی نژاد، در این نامه طولانی، که در پایگاه اطلاع رسانی وی منتشر شده، حمید بقایی را بیگناه خوانده است و با اشاراتی، بازداشت او را سیاسی دانسته و از جملهنوشته است:«روزی در مجلس موضوعی را مطرح کردیم و رسیدگی هم نشد ، آیا همچنان باید چوب آن را بخوریم؟»
حمید بقایی روز یکشنبه ۱۸ تیرماه با قرار وثیقه ۵۰ میلیارد تومانی بازداشت شد.
او قبلا در خرداد ۹۴ به اتهام «اختلاس» بازداشت و در دی‌ماه همان سال آزاد شده بود.
حمید بقایی و محمود احمدی‌نژاد در انتخابات اخیر ریاست جمهوری نامزد شده بودند اما هر دوی آنان رد صلاحیت شدند.