پاپ بندیکت، در جریان اقامت خود در شهر کلن آلمان، از یک کنیسه یهودی نیز دیدار کرد. این کنیسه در زمان حکومت نازی ها، نابود شده بود، اما در سال 1959، بار دیگر باز سازی شد. پاپ در این سفر خواستار اتحاد همه مسیحی ها و یهودی ها شد، تا مانع از سر برآوردن، یک ایدئولوزی دیوانه و نژادپرست شوند که هولوکست را خلق کرد. پاپ که در جوانی، مدت کوتاهی عضو سازمان جوانان هیتلری بوده، در بنای یادبود 6 میلیون یهودی قربانی، به دعا کردن پرداخت.
