بر اساس گزارش حزب جبهه مشارکت ایران اسلامي، تعقيب قضايي نمايندگان مجلس ششم که به سبب سخنانشان در مجلس احضار، بازداشت يا زنداني شدند، بر اساس نامه محرمانه اي بود که از سوي شوراي نگهبان براي سلب مصونيت نمايندگان به قوه قضاييه در سال 1380 فرستاده شده بوده است، و ظاهراً بزرگان مجلس هفتم نيز از اين نامه خبر داشته اند. در همين حال آيت الله احمد جنتي، دبير شوراي نگهبان، خواهان تغيير قانون انتخابات شده است. علي سجادي (راديوفردا): احمد جنتي دبير شوراي نگهبان روز يکشنبه به خبرگزاري فارس وابسته به حزب موتلفه اسلامي که کنترل مجلس هفتم را در دست دارد، گفت: اشكالات ساختاري انتخابات مجلس شوراي اسلامي به ويژه در بخش ثبت نام وبررسي صلاحيت داوطلبان باعث توان فرسا شدن نظارت بر انتخابات مجلس شده است. آقاي جنتي گفت: مجلس هفتم بايد با دقت و درايت قانون انتخابات مجلس را اصلاح كند.
شوراي نگهبان در چند سال اخير نهايت تلاش خود را با استفاده از تفسيرهاي موسع از قانون اساسي جمهوري اسلامي براي محدود کردن نقش نمايندگان منتخب مردم در سياستگذاريهاي ملي و بين المللي به عمل آورده است. سه روز پيش سايت خبري رويداد که منعکس کننده نظرات و اخبار حزب مشارکت ايران اسلامي است اعلام کرد اخيراً در دستگاه قضايي فاش شده است كه شوراي نگهبان در سال 1380 نامهاي محرمانه به قوه قضائيه ارسال كرده است كه حاوي نقطه نظرات اين شورا درباره تفسير اصل 86 قانون اساسي بوده است.
اصل 86 قانون اساسي جمهوري اسلامي تضمين کننده مصونيت نمايندگان مجلس در انجام وظايف ايشان است و در آن آمده كه نمايندگان مجلس در مقام ايفاي وظايف نمايندگي در اظهارنظر و راي خود كاملا آزادند و نميتوان آنها را به سبب نظراتي كه در مجلس اظهار كردهاند يا آرائي كه در مقام ايفاي وظايف نمايندگي خود دادهاند، تعقيب يا توقيف كرد.
سايت رويداد به نقل از منبع خبري خود و با يادآوري اينكه در سال 1380 برخورد قوهقضائيه با نمايندگان اصلاحطلب مجلس ششم در حال به اوج رسيدن بود به گونهاي كه به زنداني شدن حسين لقمانيان نماينده همدان بخاطر انتقاد از قوه قضائيه منجر شد، افزوده است:«اكنون فاش شده كه شوراي نگهبان در آن به كمك قوهقضائيه شتافته و با در نامهاي محرمانه با ارائه تفسيري از اصل 86 قانون اساسي به قوه قضائيه اعلام كرده كه نمايندگان در مقام نمايندگي از مصونيت برخوردار نيستند». به گفته اين منبع، «بدنبال اين تفسير، قوه قضائيه تمام شكايات تنظيمي عليه نمايندگان را با استناد به تفسير محرمانه پيگيري ميكرد».
لازم به يادآوري است كه تفسير ارايه شده از سوي شوراي نگهبان به دستگاه قضايي همان تفسيري است كه محمدرضا باهنر نايب رئيس مجلس هفتم در اوايل كار اين مجلس به آن اشاره كرد. كه به موجب قانون، نمايندگان نه تنها مصونيت مطلق ندارند كه از «مصونيت نسبي» هم برخوردار نيستند. سايت حزب مشارکت اسلامي مي نويسد: اين اظهارنظر از سوي كسي كه خود را «نماينده مجلس» ميداند و به طور طبيعي بايد از حق مصونيت قضايي خود دفاع كند، تعجب بسياري را برانگيخته و نشاني از اوج وابستگي راهيافتگان مجلس هفتم به مراكز انحصاري قدرت محسوب شده است.