رئیس جمهوري جديد گفت حکومت اندونزی ممکن است گروه جماعت اسلامي را ممنوع اعلام کند. سوسيلو بامبانگ يودويونو Susilo Bambang Yudhoyono به هفتهنامه Time گفت اگر مقامات اندونزي بتوانند ثابت کنند که گروه جماعت اسلامي در اندونزي فعال است واعضاي آن به اقدامات تروريستي مشغولند ، آن را ممنوع اعلام خواهند کرد. کشورهاي غربي و نيز سازمان ملل متحد گروه جماعت اسلامي را يک گروه تروريستي شناخته اند. اين گروه متهم است که در بمب گزاري سال 2002 در يک کلوب شبانه درجزيره بالي دست داشته است. در اين حادثه 202 نفر کشته شدند.