دفتر محمد خاتمي، رييس‌جمهوري اسلامي بخشي از اظهارات اخير علي فلاحيان در قم را تكذيب كرد. در اين تكذيبيه آمده است: آنچه علي فلاحيان، عضو مجلس خبرگان در جلسه پرسش و پاسخ طلاب مدرسه الهادي قم، درباره آقاي خاتمي مطرح كرده‌اند و در نشريات و خبرگزاري‌ها درج شده صحت ندارد. در اين بيانيه آمده است آقاي فلاحيان در اين جلسه در خصوص ماجراي قتل‌هاي زنجيره‌اي، مطالبي به رياست محترم جمهوري منتسب كرده‌اند كه فاقد صحت است. ايشان همچنين در اين جلسه جعل خبر و شرحي در بازديد رياست‌جمهوري از نيروگاه نطنز به همراهي آقايان محسن آرمين، بهزاد نبوي و خسرو تهراني افاضه فرموده‌اند كه به هيچ وجه صحت ندارد و تكذيب مي‌شود. فلاحيان در سخنان خود در قم درباره روند پىگيرى پرونده قتلهاى زنجيره اى گفته بود: در جريان قتلهاى زنجيره اى خيلى فحش شنيديم و خود آقاى خاتمى هم گفت که "شما خيلى مظلومانه و نجيبانه پايدارى کرديد."
