در دیدار هیئت‌های دولت جمهوری اسلامی با رهبر، به رسم معمول، مردانی کمتر شناخته‌شده در صندلی‌های ردیف پشتی نشسته‌اند، گویا مراقب وزرای دولت هستند، یا ناظر و حتی رقیب اهل کابینه. آنها وزرای دولت آیت‌الله خامنه‌ای هستند، دولتی پنهان که ریشه در بیت علی خامنه‌ای دوانده و شاخ و برگ‌هایش به اغلب نهادهای عالی نظام سیاسی سر کشیده است.
این شبکه پیچیده و چند لایه که اکنون مهم‌ترین کانال ارتباطی خامنه‌ای با بیرون از بیت، سخنگوی او و محل مانور فرزندان و معتمدان رهبر شده، گرته‌برداری غیرمعمول و توسعه‌یافته است از دفتر روح‌الله خمینی، رهبر پیشین جمهوری اسلامی.
بیت خمینی؛ محدود و مؤثر
عصر روز ۱۲ بهمن ۱۳۵۷، دبستان دخترانه رفاه واقع در خیابان ایران؛ مردان انقلابی نگران و منتظر ورود آیت‌الله خمینی هستند. ساعت هشت شب، خمینی و فرزندش، احمد به مدرسه می‌رسند. صادق خلخالی «با همان عبا و عمامه شروع کرد به رقصیدن»، دیگران صلوات می‌فرستادند و همراه رهبرشان می‌خندیدند. دبستان رفاه، محل سکونت خمینی شده بود. ماندن او در مدرسه رفاه یک روز بیشتر به طول کشید و روز بعد، در همان خیابان در مدرسه علوی ساکن شد ولی مدرسه رفاه، در اختیار انقلابیون ماند، جلسات شورای انقلاب همان‌جا تشکیل می‌شد، صادق خلخالی هم همان‌جا، مقام‌های حکومت پهلوی را محاکمه و اعدام می‌کرد. آن دبستان دخترانه، نقطه شروع تشکیل بیت خمینی بود، بیتی که سپس به مدرسه علوی منتقل شد، مدتی در قم بود و نهایت در منطقه جماران، مستقر شد و وسعت یافت.
در دفتر خمینی، دو وجه سیاسی و مذهبی بر سایر ابعاد غلبه داشت. نهادهای امنیتی و نظامی و دستگاه‌های اقتصادی متأثر از دستورات خمینی بودند ولی شورای عالی دفاع در حوزه نظامی، وزارت اطلاعات در حوزه امنیتی و دولت در حوزه اقتصادی، مرجعیت خود را حفظ کرده بودند.
در وجه سیاسی، احمد خمینی، همه‌کاره بیت پدر بود و دفتر خمینی، کانون‌های تصمیم‌سازی محدودتر و متمرکزی داشت. ساختار دفتر خمینی متأثر از هیبت مذهبی او، چندان مدرن نبود و به سیاق دفاتر مراجع تقلید شیعه، عمل می‌کرد و قدرت احمد خمینی در نهایی و اجرایی کردن تصمیم‌های کلان و مهم، سبب شده بود اجزای دفتر نقش واسطه‌گری‌اش پررنگ‌تر باشد و اعضای دفتر «دستیار احمدآقا» باشند.
سادگی ساختار و عملکرد دفتر، تحت تأثیر اقتضائات انقلابی هم بود و پرهیز خمینی از نمایشش به عنوان یک رهبر پر تشریفات، در جمع‌وجور بودن دفترش مؤثر بود. رفتار سیاسی او هیئت مشاوران خمینی هم کوچک بود و او برای کسی حکم رسمی مشاور صادر نمی‌کرد. در وجه مذهبی نیز خمینی، تا حدودی نقش و شأن برای حوزه‌های عملیه قائل بود، مسئولیت برخی امور را به مراجع تقلید واگذار کرده بود و از دخالت پیوسته و علنی خودداری می‌کرد و مهم‌تر اینکه جایگاه و کاریزمای مذهبی‌اش به اندازه‌ای قوی بود که برای تثبیت و تبیلغش نیازی به یک دستگاه عظیم رسانه‌ای نیاز نداشت.
بیت خامنه‌ای؛ خشت اول
خرداد ۱۳۶۸، نخستین پیشنهاد برای بیت خامنه‌ای، جماران بود. مقدمه استقرار خامنه‌ای، جابه‌جایی خانواده خمینی از جماران بود. موضوعی که چندان مورد علاقه رهبر جدید نبود و دنبال مکان جدید بود. او در آن دوران، به سمت موقعیت حقوقی‌اش ساکن پاستور بود. مکان جدید هم همان‌جا پیدا شد. «ملکی که چهار ساختمان داشت»، خریده شد و در زمین کنارش هم یک حسینیه ساخته شد تا بیت خامنه‌ای شکل بگیرد.
نخستین خشت توسعه دفتر رهبر جمهوری اسلامی با تشکیل نهادهایی چون در دفتر رهبر گذاشته شد. نهادسازی از رویکردهای برجسته علی خامنه‌ای است. او نه تنها در دفتر که در ساختار سیاسی هم نهادهای موازی و مشورتی متعددی تأسیس کرده تا بتواند شبکه قدرت خود را تحکیم بخشد. نهادسازی در گام نخست محدود به دفتر رهبر جمهوری اسلامی بود.
شخصیت اطلاعاتی رئيس دفتر خامنه‌ای و چهره‌های اصلی دفتر و میل و برنامه آنها برای مدیریت و تسلط بر دوران گذار و تثبیت رهبری و مرجعیت خامنه‌ای، نیز در سرعت یافتن نهادسازی موثر بود. وجه آخر، تجربه ریاست‌جمهوری خامنه‌ای نیز در این زمینه نقش مهمی داشت و برخی از مشاوران و نزدیکان سیاسی او در دوران ریاست‌جمهوری نیز به دفتر رهبر نقل مکان کردند و مسئولیت گرفتند. او حدود هشت سال رئیس‌جمهور بود و اگرچه قدرت اجرایی بالایی نداشت ولی تجربه‌اش را کسب کرده بود و یاد گرفته بود که نهاد، قاعده بازی است.
این قاعده از یک زاویه دیگر هم حیاتی بود. خامنه‌ای، ۱۴خرداد ۱۳۶۸ در جلسه انتخابش به عنوان رهبر، اشاره کرد که اگر رهبر شود، «رهبری صوری» خواهد بود و حرفش برای دیگران «حجت شرعی» دارد، چون مرجع تقلید نیست و دیگران هم او را «فقیه و صاحب‌نظر» در امور دین نمی‌دانند و «اگر حکم کند، دیگران حرفش را قبول نمی‌کنند.» یک روایت از این سخنان این است که او تواضع به خرج داده ولی قابل انکار نیست که او هم از نظر سیاسی و هم از نظر فقهی نیازمند مشروعیت‌بخشی گسترده‌ای بود و مسئولیت و مأموریت دفتر او بسی بیشتر از دفتر خمینی بود تا بتواند جا بیندازد که «خامنه‌ای، خمینی دیگر است».
بیت خامنه‌ای؛ فاز مهره‌چینی
در دهه اول پس از به قدرت رسیدن خامنه‌ای، به حاشیه راندن چهره‌های برجسته چهره‌های جریان مخالف یا منتقد او از ساختار بالادستی حکومت، یک دستورکار مشخص او بوده است. به موازات این جریان حذفی، او در صدد مهره‌چینی هم بوده است. این رویه در بیت خامنه‌ای هم مشهود است. در ماه‌های نخست رهبری خامنه‌ای، چهره‌هایی چون ناطق‌نوری، موسوی خوئینی‌ها و هاشمی رفسنجانی و نیروهای میانی مانند محمد خاتمی و محمدرضا باهنر هم در حلقه مشاوران رهبر بودند ولی اندک اندک، برخی مشاوران مانند ناطق‌نوری جذب ساختار جدید بیت شدند و نقش برخی چون موسوی خوئینی‌ها در دایره مشورت کم‌رنگ‌تر شد.
محمد محمدی‌گلپایگانی معاون پارلمانی، و اصغر میرحجازی دیگر معاون وزارت اطلاعات، سید محمد میرمحمدی که رئيس دفتر خامنه‌ای در قم بود، علی‌اکبر ناطق‌نوری، محمدمهدی موحدی کرمانی، محمد شیرازی و هاشم رسولی محلاتی، از نخستین چهره‌هایی بودند که به تشکیلات تازه راه یافتند و اغلب‌شان اعتماد شخص رهبر را همراه خود داشتند. گام دوم مهره‌چینی از یک دهه بعد با انتصاب مشاوران رهبر شروع شد. علی‌اکبر ولایتی، غلامعلی حدادعادل و رحیم صفوی که انتصاب‌شان حدفاصل ۱۳۷۶ تا ۱۳۸۷ بوده، سه نمونه از چهره‌هایی هستند که در دو دهه گذشته در قامت مشاور رهبر، موقعیت سیاسی خویش را تثبیت کرده‌اند.
بیت خامنه‌ای؛ ظهور آقازاده‌ها
فاز سوم توسعه بیت خامنه‌از حدفاصل سال ۱۳۸۳ تا ۱۳۹۳ بوده است که با رونق و توسعه یافتن تشکیلات «دفتر حفظ و نشر آثار» رهبر، توسعه رسانه‌ها، افزایش دایره فعالیت‌های دفتر امور عمرانی دفتر رهبر که بر وعده‌ها و مصوبات سفرهای استانی رهبر متمرکز بود، گسترش دایره فعالیت معاونت امور بین‌الملل دفتر خامنه‌ای برای سازماندهی موسسات مذهبی خارج از کشور و ظهور قدرتمندتر معاون امور ویژه دفتر خامنه‌ای در عرصه‌های سیاسی، سبب شد که دفتر رهبر، بیشتر و علنی‌تر و قدرتمندتر در سپهر سیاست حضور داشته باشد.
به موازات این فعالیت‌های سیاسی و اجرایی، در جنبه‌های مذهبی هم نقش دفتر قم پررنگ‌تر شد و معاون ارتباطات حوزوی که سامانده روابط رهبر با مراجع تقلید و علمای قم بود و شبکه‌ای از طلبه‌ها را برای کلاس‌های درس خارج فقه رهبر گرد هم می‌آورد، فعالیت‌هایش را گسترده‌تر کرد و رابطه مراجع تقلید و رهبر از فاز «علمایی» به سازوکاری تشکیلاتی تغییر وضعیت دارد. در این میانه، معاون فرهنگی دفتر رهبر هم سراغ مداحان رفت تا پتانسیل این شبکه بزرگ از مبلغان رهبر را کنترل و هدایت کند.
در همین دوران، پسران خامنه‌ای یعنی مسعود و میثم در دفتر حفظ و نشر آثار و مجتبی خامنه‌ای در پشت پرده سیاست ایران نیز فعال شده بودند و نقشی مهمی در اعمال قدرت سیاسی دفتر بازی می‌کردند. ظهور دولت احمدی‌نژاد که در دولت اول سخت می‌کوشید نظرش را به نظر رهبر نزدیک نشان دهد، نیز در این رونق‌دهی و اعتباردهی مؤثر بود. در همین دوران بود که جلسه هیئت دولت با حضور معاون امور ویژه دفتر رهبر تشکیل می‌شد و مرکز بررسی‌های استراتژیک ریاست جمهوری پروژه تعریف می‌کرد که با همکاری دفتر رهبری، کتاب بنویسند در معرفی و ستایش «منظومه فکری» خامنه‌ای.
در همین دوران به موازات توسعه فعالیت‌های اقتصادی نهادهای وابسته به رهبر، نقش معاونت نظارت و حسابرسی افزایش یافت. این معاونت که هم باید خرج بیت رهبر از مجموعه‌های اقتصادی دربیاورد و هم کارنامه مالی سالانه‌شان را تأیید کند، به جز کارتل‌های اقتصادی نظامی، بر بقیه نهادهای اقتصادی وابسته به رهبر که بخش مهمی از اقتصاد ایران را شکل می‌دهند، نظارت و تسلط دارد.
تشکیل دولت
تشکیلات عظیم دفتر خامنه‌ای که حداقل هشت معاونت دارد و در بطن آن، دفتر حفظ و نشر نقش سخنگوی رهبر را بازی می‌کند و در کنارش جمع مشاوران و دفاتر ویژه، ایستاده‌اند، در حال حاضر در مناسبات سیاسی، اقتصادی، امنیتی، فرهنگی و اجتماعی ایران نقشی به مراتب مهم‌تر از نهاد ریاست‌جمهوری ایفا می‌کند. این قدرت که متأثر از روحیه مداخله‌جویانه و اجرایی رهبر است، با توجه به نفوذ اعضای بیت در بسیاری از مناصب حکومتی، شوراهای بالادستی، هیئت امنا و هیئت مدیره‌های مراکز مهم مذهبی و اقتصادی و نهادیی چون مجمع تشخیص، یک کابینه قوی با ضمانت اجرایی را شکل داده است.
دامنه دخالت و نفوذ این دفتر از تعیین خط مشی بودجه و برنامه توسعه و تغییرات کلان سیاست‌های اقتصادی مانند الگوی جدید قراردادهای نفتی و جهت‌دهی به مذاکرات هسته‌ای و نظارت بر تدوین سند تحول آموزش و پرورش و سند سیاست‌های کلی سلامت تا راه‌اندازی پروژه‌های کوچک عمرانی، جابه‌جایی قبور، جمع‌آوری تبلیغات شهری و هماهنگی برای خواندن خطبه عقد را در بر می‌گیرد.
در ادبیات سیاسی ایران از سپاه و سایر نهادهای وابسته به رهبر به عنوان «دولت پنهان» یاد می‌شود ولی آنها سازوکاری علنی دارند و بیشتر دولت موازی به نظر می‌رسند تا دولت پنهان. دولت پنهان در عرصه سیاست ایران در بیت خامنه‌ای لانه کرده است. بیتی که نمادش «زیلوهایی ساده» که از این سخنرانی رهبر به آن سخنرانی برده می‌شوند تا نمایش ساده‌زیستی خمینی‌وار خامنه‌ای باشد ولی واقعیتش یک کارتل عظیم و چند لایه است که درونش جنگ منافع در جریان است و جنگ منافع در بیرون دفتر خامنه‌ای را هدایت می‌کند.