هم‌زمان با اعلام رسمی دلایل وقوع سانحه قطار مسافربری مشهد- یزد، یک نماینده مجلس ایران خواهان برخورد جدی با خاطیان این سانحه از جمله مدیرعامل راه‌آهن شد.
کمیسیون عالی سوانح راه‌آهن روز یک‌شنبه، ۲۲ خرداد علت‌های مهم سانحه مسافربری مشهد- یزد را «انسداد مسیر حرکت قطار توسط بیل مکانیکی» و «تخطی از سرعت مقرره» از سوی لوکوموتیوران اعلام کرد و از بررسی سایر عوامل خبر داد.
بامداد چهارشنبه، ۱۸ خرداد، در کیلومتر ۸۵ طبس به یزد بر اثر تصادف با یک بیل مکانیکی از ریل خارج شد. در گزارش‌های اولیه شمار کشته‌شدگان حادثه ۲۱ نفر و شمار مصدومان ۸۶ نفر اعلام شد، اما بر اساس اعلام نهایی سازمان پزشکی قانونی یزد در روز ۲۲ خرداد، ۱۴ نفر در این حادثه کشته شدند.
علی‌اکبر عزیزی استاندار یزد، شامگاه شنبه درباره دلایل کاهش آمار قربانیان گفته بود که جسد برخی جان‌باختگان بر اثر شدت ضربه، متلاشی و قطعات اجساد در قالب ۲۲ کاور جهت تشخیص هویت جمع‌آوری شده بود اما بر اساس اعلام خانواده‌های مفقودان تعداد فوتی‌ها ۱۴ نفر بوده است.
در واکنش به وقوع سانحه قطار مسافربری مشهد- یزد، محمدرضا رضایی کوچی، رئیس کمیسیون عمران مجلس روز یک‌شنبه در گفت‌وگو با خبرگزاری ایلنا علت آن را برخی «سهل‌انگاری‌ها» عنوان و از عدم نظارت بر شبکه ریلی انتقاد کرد.
آقای کوچی در ادامه با اشاره به این که لوکوموتیوران قطار مشهد-یزد به جای سرعت ۳۰ کیلومتر بر ساعت با ۱۲۰ کیلومتر بر ساعت قطار را می‌رانده، گفته است که هیچ سیستم هوشمندی بر شبکه ریلی و سرعت قطارها نظارت نمی‌کند.
رئیس کمیسیون عمران مجلس در ادامه با اشاره به برخی شایعات مبنی بر اعتیاد راننده بیل مکانیکی نیز گفته است در صورت صحت این موضوع، مسئولیت تایید صلاحیت افراد پیمانکار و شرکت راه‌آهن که با پیمانکاران قرارداد منعقد می‌کند، است.
این نماینده مجلس هم‌چنین به‌طور تلویحی از احتمال عزل مدیرعامل راه‌آهن مانند عزل مدیرعامل وقت راه‌آهن در پیسانحه قطار تبریز- مشهد با پیگیری مجلس خبر داد. در این حادثه که در سال ۱۳۹۵ رخ داد، ۴۸ نفر کشته و ۱۰۳ نفر مصدوم شدند.
امام جمعه تبریز آذر پارسال از مشخص نشدن مسئولان و عاملان حادثه قطار مسافربری تبریز- مشهد پس از ۵ سال انتقاد کرده بود.
میعاد صالحی، مدیرعامل شرکت راه‌آهن شامگاه شنبه برای توضیح درباره حادثه قطار مشهد-یزد در یک برنامه تلویزیونی حاضر شده بود، عم ناوگان باری کشور را ٣۵ سال اعلام کرد و گفت که عمر ناوگان مسافری را برای جلوگیری از ایجاد نگرانی بین مردم اعلام نمی‌کند.
او از مهم‌ترین دلایل حوادث ریلی کشور در سال‌های گذشته را «خصوصی‌سازی» نادرست عنوان کرد و گفت که شرکت «تراورس» که مسئول تامین و نگهداری خطوط راه‌آهن ایران ١٠ سال پیش با ۶ هزار پرنسل و تجهیزات و امکانات به بخش خصوصی واگذار شد و پس از آن که «به خاک سیاه نشست» در سال ۱۳۹۹ به راه‌آهن برگشت.
بر اساس گزارش‌ها شرکت خدمات مهندسی خط و ابنیه فنی راه‌آهن (تراورس) از بزرگ‌ترین شرکتهای اقماری راه‌آهن جمهوری اسلامی ایران است که اردیبهشت ۱۳۸۹ به ارزش ۱۲۳میلیارد تومان به گروه «امیرمنصور آریا» با مدیریت مه‌آفرید امیرخسروی واگذار شد.
آقای امیرخسروی به عنوان متهم ردیف اول پرونده موسوم به «فساد یا اختلاس سه هزار میلیارد تومانی» در خرداد ۱۳۹۳ اعدام شد.
این شرکت در سال ۱۳۹۹ با حکم دادگاه حقوقی تهران در حالی که ارزش آن به ۸ هزار میلیارد تومان رسیده بود، دوباره به شرکت راه‌آهن بازگردانده شد.
بررسی سایت شرکت تراورس نشان می‌دهد که مدیران آن پیش‌بینی کرده بودند که این شرکت در سال ۱۴۰۴ حائز رتبه اول کشور در میان شرکتهای پیمانکاری راه‌سازی به لحاظ «حجم قراردادی» خواهد بود.
هم‌زمان با انتقادها از وضعیت سیستم حمل و نقل ریلی کشور، کمبود بودجه و فرسودگی این ناوگان خبرگزاری فارس روز شنبه، ۲۱ خرداد از سفر هیأتی از اداره خط آهن طالبان برای رایزنی با مقامات ایران درباره از سرگیری ساخت خط آهن خواف ـ هرات و «برنامه‌های آموزشی برای پرسنل» این اداره خبر داده بود.
