علی مطهری در نامه‌ای به آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، اقدام مجمع تشخیص مصلحت نظام در انطباق مصوبات مجلس با سیاست‌های کلی نظام را «خلاف قانون اساسی» خواند.
این نماینده مجلس تاکید کرده که سیاست‌های کلی نظام «عین قانون اساسی یا متمم قانون اساسی نیست که مغایرت با آن به معنی مغایرت با قانون اساسی باشد».
به گفته آقای مطهری، شورای نگهبان ایرادات هیات نظارت بر سیاست‌های کلی نظام را بدون اظهار نظر و تنها «به عنوان رابط» به مجلس می‌فرستد.
وی تاکید کرد در صورت اصرار مجلس بر مصوبات خود، تصمیم‌گیری به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارجاع می‌شود و این نهاد خود باید درباره اختلاف خودش با مجلس اعلام نظر کند.
آقای مطهری تاکید کرد که این رویه باعث متوقف شدن برخی مصوبات مجلس شده است.
مطابق قوانین جمهوری اسلامی، مصوبات مجلس باید به تایید شورای نگهبان برسد اما در صورت بروز اختلاف نظر بین این دو نهاد، مجمع تشخیص مصلحت نظام به عنوان داور نهایی تصمیم‌گیری می‌کند.
با این حال چند سالی ست که این روند تغییر کرده و گروه ۱۵ نفره‌ای در مجمع تشخیص مصلحت نظام، با نام «هیأت عالی نظارت»، مصوبات مجلس را با نظر به «سیاست‌های کلی نظام» بررسی می‌کند.
فرمان نهایی تشکیل این هیأت در اسفند ۹۲ از سوی علی خامنه‌ای ابلاغ شد.
مناقشه درباره نقش این شورا پس از معلق ماندن بررسی لوایح مرتبط با مقررات گروه ویژه اقدام مالی(فتف) در مجمع تشخیص مصلحت نظام ایران به اوج خود رسیده است.
