حصر مخالفان هر چند پیش از جمهوری اسلامی نیز سابقه داشته اما این حکومت بیشترین تعداد حصر را در کارنامه خود دارد. شاید به این دلیل که همه محصوران از مقامات سابق، مراجع تقلید و چهره‌های مذهبی و سیاسی شاخص بوده‌اند و حکومت حصر را نسبت به زندان کم هزینه‌تر یافته است. از سوی دیگر هیچ یک از این محصوران درهیچ دادگاهی محاکمه نشده‌اند و حتی حکمی به نام حصر در قوانین ایران وجود ندارد.
۱) کاظم شریعتمداری، آیت‌الله رقیب
آیت‌الله کاظم شریعتمداری را می‌توان بلندپایه‌ترین فرد محصور در دوره رهبری آیت‌الله خمینی دانست. پیش از انقلاب ۵۷ نیز هر چند آیت‌الله شریعتمداری به همراه چند مرجع تقلید دیگر برای اعدام نشدن آیت‌الله خمینی، او را مرجع تقلید معرفی کرد اما این دو رابطه خوبی نداشتند و از جمله در شب مشهور به «لیله الضرب» بین شاگردان دو طرف درگیری‌هایی رخ داده بود.
پس از انقلاب آیت‌الله خمینی و آیت‌الله شریعتمداری با یکدیگر دیدار کردند اما با این حال درگیری‌های پنهان ادامه یافت. تشکیل حزب خلق مسلمان تحت حمایت آیت‌الله شریعتمداری نزدیکان آیت‌الله خمینی را نسبت به او حساس‌تر کرد چرا که دیگر مراجع تقلید مانند آیت‌الله گلپایگانی حضور مؤثری در سیاست نداشتند.
پس از این درگیری‌ها، صادق قطب‌زاده در اعترافات تلویزیونی خود مدعی اطلاع داشتن آیت‌الله شریعتمداری از طرح کودتا برای قتل آیت‌الله خمینی شد. این اعتراف که آیت‌الله منتظری تلویحاً آن را توطئه دانسته، زمینه حصر آیت‌الله شریعتمداری را در ۲۷ فروردین ۶۱ فراهم کرد.
براساس روایت‌ها محمدی ری‌شهری به صورت این مرجع تقلید سیلی زده و او را برای اعترافات تلویزیونی تحت فشار گذشته است. پخش فیلم اعتراف تلویزیونی نیز باعث رفع حصر او نشد و او تا اسفند ۶۴ درحصر ماند و تنها ۴۰ روز پیش از مرگش به بیمارستان منتقل شده بود.
به گفته محسن کدیور، سران نظام جمهوری اسلامی از سال ۶۱ از بیماری سرطان آیت‌الله شریعتمداری اطلاع داشتند اما آیت‌الله خمینی گفته بود که او «باید در خانه‌اش محبوس باشد تا با مرضش بپوسد و بمیرد».
جنازه آیت‌الله شریعتمداری مخفیانه به خاک سپرده شد و آیت‌الله رضا صدر که به وصیت این مرجع تقلید باید بر جنازه‌اش نماز می خواند به مدت یک روز بازداشت شد. این برخورد حتی اعتراض آیت‌الله محمدرضا گلپایگانی، مرجع تقلید سنتی، را نیز به دنبال داشت.
۲) حصر رهبر قیام در مشهد
بر اساس برخی روایت‌ها پیش از آیت‌الله شریعتمداری، حسن طباطبایی قمی حصر شده بود و از حصر به دفن شبانه جنازه آیت‌الله شریعتمداری اعتراض کرد. هر چند تاریخ دقیق حصر او مشخص نیست.
او که خود رهبر قیام ۱۵ خرداد ۴۲ در مشهد بود و در حکومت شاهنشاهی سال‌ها زندانی و تبعید شده بود پس از انقلاب به دلیل مواضع اعتراضی‌اش حصر شد.
او از موضع یک فقیه سنتی مخالف ولایت فقیه و به شورای مراجع تقلید برای اداره حکومت اسلامی معتقد بود.
آیت‌الله طباطبایی قمی همچنین در آخرین مصاحبه‌اش به «سلب آزادی‌های مردم»، «سانسور» و« عدم آزادی بیان»، «دخالت قضات در کارهای قانونگذاری و سیاسی، ایجاد دادگاه‌های کذایی» اعتراض کرد.
براساس برخی روایت‌ها او درسال ۶۰ به حصر رفته اما درباره زمان دقیق حصر او گزارشی وجود ندارد. حصر او در دوره رهبری آیت‌الله خامنه‌ای که به گفته محسن کدیور حداقل یک سال شاگردش بوده نیز ادامه یافت.
در نهایت آیت‌الله طباطبایی قمی پس از ۱۵ سال و درحالی که ویلچرنشین شده بود به صورت تدریجی رفع حصر شد و در سال ۸۶ درگذشت.
۳) حصر مخالف قائم مقام
از میان مراجع تقلید محصور، تنها آیت‌الله صادق روحانی زنده است. او که پیش از انقلاب از روحانیون مخالف حکومت بود سال ۶۴ و پس از اعتراض به سخنان اعضای مجلس خبرگان رهبری مبنی بر اینکه اعضای این مجلس آیت‌الله منتظری را تنها معرفی کرده‌اند و او پیش از آن از طرف مردم به قائم مقامی رهبری انتخاب شده بود، حصر شد.
آیت‌الله منتظری اما گفته که او با این حصر مخالف بوده و به آیت‌الله خمینی و محمد محمدی ری‌شهری، وزیر وقت اطلاعات، نیز اعلام کرده اما آنان به این مخالفت اعتنایی نکرده‌اند. او پس از حذف آیت‌الله منتظری نیز همچنان در حصر بود و حصرش ۱۳ سال طول کشید.
کاظم روحانی فرزند او همسر نفیسه اشراقی، نوه آیت‌الله خمینی، بود که سال ۷۴ از هم جدا شدند. محمد روحانی، برادر صادق روحانی، پس از فوت آیت‌الله خویی به همراه آیت‌الله سیستانی به عنوان دو جانشین او مطرح بود.
۴) حصر قائم مقام
آیت‌الله منتظری بالاترین مقام حکومتی معزول درجمهوری اسلامی بوده که حصر شده است. او که با وجود سمت قائم مقامی رهبری از اقدامات حکومت انتقاد می کرد، در دوره رهبری آیت‌الله خامنه‌ای نیز به انتقادهای خود ادامه داد. فضای پس از دوم خرداد اما باعث شد که سخنان او انعکاس بیشتری پیدا کند.
او در سخنرانی ۲۳ آبان‌ماه ۷۶ تلاش‌ها برای معرفی آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان مرجع تقلید اعلم را «مبتذل کردن مرجعیت شیعه» خواند و از محمد خاتمی به دلیل محافظه‌کاریش انتقاد کرد. پس از این سخنرانی نیروهای لباس شخصی به حسینیه و دفتر این مرجع تقلید حمله کردند و او حصرشد.
او در مدت حصر نیز به مواضع انتقادی خود ادامه داد و خاطراتش را منتشر کرد که از جمله مهم‌ترین موضوعات آن اشاره به اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی در سال ۶۷ بود. حصر آیت‌الله منتظری در ۱۰ بهمن ۸۱ برداشته شد.
او پس از آن مواضع انتقادی خود را دنبال گرفت و در انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ نیز به سرکوب معترضان شدیداً انتقاد کرد. آیت‌الله منتظری ۲۹ آذر ۸۸ درگذشت و مراسم تشییع جنازه او در قم نیز با حضور معترضان به انتخابات و شعارها علیه حکومت برگزار شد.
۵) عذرخواهی به دلیل تلاش برای رهبری آیت‌الله خامنه‌ای
همزمان با آیت‌الله منتظری، آیت‌الله احمد آذری قمی نیز به تلاش‌ها برای معرفی آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان مرجع اعلم انتقاد کرد و به حصر رفت، اما حصر او در فضای سیاسی و خبری چندان مورد توجه قرار نگرفت.
آذری قمی دبیرکل جامعه مدرسین بود، گروهی که نامه عزل آیت‌الله شریعتمداری را از مرجعیت صادر کرد. این نامه اما با امضای محمد یزدی صادر شده بود.
او درباره ولایت فقیه نظریات متناقضی بیان کرده بود. نظریه مشهور «مولوی و ارشادی» را او پس از اعلام نظر آیت‌الله خمینی درباره ضرورت رأی مجلس به میرحسین موسوی بیان کرده بود. به این معنا که برخی نظرات ولی فقیه مولوی است و باید اجرا شود اما برخی ارشادی است و تنها جنبه توصیه دارد. او در دوره رهبری آیت‌الله خامنه‌ای اما در نظری متفاوت گفت که ولی فقیه می‌تواند «حتی توحید را به طور موقت تعطیل کند».
آیت‌الله آذری قمی بعدها نوشت که آیت‌الله خمینی پس از این سخنان او را تهدید کرده که مقامش «به گرد پای نفوذ و مقام» آیت‌الله شریعتمداری نمی‌رسد و «پا را از گلیم خود درازتر نکند».
در نهایت اما رابطه آذری قمی و آیت‌الله خمینی به درگیری نکشید و او بنیاد و روزنامه رسالت را تأسیس کرد که از منتقدان اصلی دولت میرحسین موسوی بود. با این حال در دوره رهبری آیت‌الله خامنه‌ای حضور جدی در سیاست نداشت.
احمد آذری قمی نیز در سال ۷۶ به دلیل اعتراض به تلاش‌ها برای معرفی آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان مرجع اعلم پس از حمله به خانه‌اش حصر شد.
او پس از ۱۵ ماه حصر در ۲۲ بهمن ۷۷ درحالی درگذشت که به سرطان خون مبتلا و در حصر امکان مداوا نیافته بود. محسن کدیور به نقل از آیت‌الله محمد مؤمن، عضو شورای نگهبان، نقل کرده که آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به درخواست او برای رفع حصر آذری قمی به دلیل بیماری و امکان فوتش در حصر گفته است که «به درک».
۶) پربازتاب‌ترین حصر
حصر میرحسین موسوی، مهدی کروبی و زهرا رهنورد، معترضان به انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ پربازتاب ترین حصر در تاریخ جمهوری اسلامی است. تغییر شرایط سیاسی در کشور، رخ دادن حصر یک سال پس از اعتراض‌ها به انتخابات، وجود شبکه‌های اجتماعی و رسانه‌های فارسی‌زبان خارج از کشور باعث شده که این حصر بیشتر مورد توجه قرار گیرد.
برخلاف حصرهای گذشته این حصر در فضای سیاسی رسمی در ایران نیز مطرح است، برخی از نمایندگان مجلس از آن سخن می‌گویند و حتی رفع آن جزو وعده‌های انتخاباتی حسن روحانی بوده است.
برخلاف حصرهای گذشته که معمولاً بستگان امکان ملاقات با محصوران را داشتند، این سه نفر تا سال گذشته تنها مانند زندانیان در موارد تعیین شده توسط مقامات امنیتی امکان ملاقات با بستگان را پیدا می‌کردند.
میرحسین موسوی و زهرا رهنور اولین زوج محصور هستند هرچند پیش از این نورالدین کیانوری و مریم فیروز نیز پس از زندان درخانه امن وزارت اطلاعات محبوس بودند.
فاطمه کروبی، همسر مهدی کروبی، نیز مدتی در حصر با او همراه بود.
میرحسین موسوی در دوره حصر پیامی منتشر نکرده اما مهدی کروبی بیانیه‌هایی را در اعتراض به آیت‌الله خامنه‌ای و دیگر موضوعات سیاسی منتشر کرده است.
۷) حصر «قطب»
نورعلی تابنده، «قطب» دراویش گنابادی هرچند خود شخصیتی سیاسی بوده اما برخلاف دیگر محصوران به دلیل سخنانش علیه حکومت حصر نشده و در زمینه‌سازی برای برخورد با او و حامیانش برخی مراجع تقلید شیعه نقش داشته‌اند.
برخورد با دراویش گنابادی با سخنان برخی از مراجع تقلید شیعه از سال ۸۴ به بعد به صورت جدی آغاز شد تا اینکه پس از شایعه‌ها درباره تلاش برای حصر «قطب» دراویش گنابادی، دراسفند ۹۶ بین هواداران او و مأموران امنیتی درگیری گسترده‌ای در خیابان پاسداران درمحل زندگی نورعلی تابنده رخ داد.
پس از آن درگیری‌ها نورعلی تابنده به حصر رفت. او تنها رهبرگروه مذهبی مسلمان اقلیتی است که پس از انقلاب به حصر رفته است.