آیت الله خامنه ای در نامه ای به اکبر هاشمی رفسنجانی و محمود احمدی نژاد، «وقف دانشگاه آزاد» از سوی هیات موسسان این دانشگاه را «غیرشرعی» خواند.
اختلاف نظر چندین ماهه در باره دانشگاه آزاد اسلامی، نهایتا به آیت الله خامنه ای رهبر جمهوری اسلامی ارجاع داده شد و آن گونه که آقای خامنه ای در نامه خود نوشته است، وی دو گروه را مامور کرد تا از نظر حقوقی و فقهی، وقف دانشگاه آزاد را بررسی کنند.
هیات موسسان دانشگاه آزاد، به ریاست اکبر هاشمی رفسنجانی، سال گذشته اموال این دانشگاه را وقف کرد. اما شورای عالی انقلاب فرهنگی، به ریاست محمود احمدی نژاد، این اقدام را غیرقانونی نامید.
مخالفت فقهی آیت الله خامنه ای با این وقف در حالی منتشر شده است که در زمان وقف اموال دانشگاه آزاد، متولیان این دانشگاه اعلام کرده بودند که وقف اموال با موافقت آیت الله خامنه ای صورت گرفته است.