به نوشته روزنامه های سوئیس، قاضی رسیدگی به پرونده قتل کاظم رجوی (برادر مسعود رجوی)، حکم جلب علی فلاحیان را صادر کرد. کاظم رجوی در 24 آوریل سال 1990 میلادی، به ضرب 6 گلوله در نزدیکی خانه اش در شهر کوپه در استان وود در سوئیس، به قتل رسید. در آن زمان علی فلاحیان، وزیر سرویسهای اطلاعاتی و امور امنیتی جمهوری اسلامی بود.
