دو تن از فرزندان آیت‌الله محمود طالقانی٬ از اعدام‌های اوایل انقلاب و اقدامات اکبر هاشمی رفسنجانی انتقاد کرده و گفته‌اند که به مرگ پدر خود «مشکوک» هستند.مهدی و طاهره طالقانی در گفت‌و‌گویی که روز چهارشنبه از آنها در وب‌سایت «خبرآنلاین» منتشر شد٬ به بیان ناگفته‌هایی از زندگی و مرگ پدر خود پرداخته‌اند. مهدی طالقانی در این مصاحبه گفته که «اگر طالقانی زنده بود خیلی از مسیرهایی که ما در انقلاب رفتیم٬ رفته نمی‌شد» و به «احتمال ۹۰ درصد»، جنگ رخ نمی‌داد٬ سفارت آمریکا اشغال نمی‌شد.این فرزند آقای طالقانی به موضوع اعدام‌های گسترده اوايل انقلاب که از سوی صادق خلخالی صورت گرفت نیز اشاره کرد و گفت که پدرش مخالف این اعدام‌ها بوده است.آیت الله طالقانی که در سال ۱۳۵۷ از سوی آیت‌اللهخمینی به عنوان امام جمعه تهران معرفی شده بود٬ در شهریور ۱۳۵۸ درگذشت.
