رهبر جمهوری اسلامی ایران در پیامی درگذشت هاشمی رفسنجانی را تسلیت گفت. در این پیام که خبرگزاری‌ها منتشر کرده‌اند، آیت‌الله خامنه‌ای او را «رفیق دیرین» و «مبارز کهنسال» خوانده و گفته، اختلاف نظرها و اجتهادهای متفاوت در برهه‌هائی از دوران طولانی هرگز نتوانست پیوند رفاقت را به کلی بگسلد. رهبر ایران در این بیانیه گفته است، فقدان همرزم و همگامی که سابقه همکاری با او به ۵۹ سال می‌رسد، سخت و جانکاه است. رهبر ایران در این بیانیه گفته است، هیچ شخصیت دیگری را نمی‌شناسد که چنین تجربه مشترک و درازمدتی را با او در نشیب و فرازهای دوران تاریخ‌ساز داشته باشد.
آقای رفسنجانی که برای سه دهه یکی از افراد نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی ایران بود، در خردادماه سال ۸۸، پیش از برگزارى انتخابات ریاست جمهورى، در نامه‌‌ای سرگشاده به رهبر خواست تا سلامت انتخابات را تضمین کند. برخی از نزدیکان رهبری از این نامهبه عنوان یکی از زمینه‌های شکل‌گیری اعتراض‌ها به انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸یاد می‌کنند و آقای هاشمی رفسنجانی را «رأس فتنه» خطاب کرده‌اند.