آیتالله منتظرى که از سوى کانون مدافعان حقوق بشر ایران به عنوان «تلاشگر حقوق بشر» در سال ۱۳۸۸ برگزیده شده است بار دیگر با انتقاد شدید از برخوردهاى صورت گرفته با مخالفان دولت جمهوری اسلامی این برخوردها را غیرشرعى، غیرقانونی و موجب بدنامى اسلام دانست.
به نوشته پایگاه اطلاعرسانى آیتالله حسینعلى منتظرى، وى روز پنجشنبه در سخنانى در مراسم دریافت جایزه تندیس «تلاشگر حقوق بشر» در سال ۱۳۸۸ که از سوى کانون مدافعان حقوق بشر در ایران به او اعطا شد با اشاره به رویدادهاى پس از انتخابات در ایران اظهار داشت: «هیچ یک از برخوردهایى که با مردم شد شرعى و قانونى نیست و آمرین و عاملین ضامن و بدهکار مردم هستند. متأسفانه بین زن و مرد، پیر و جوان هم تفاوتى قائل نشدهاند، حتى زنها و دخترها را بیشتر کتک زدهاند.»
این مرجع تقلید شیعیان با اشاره به استدلال مقامهاى جمهورى اسلامى ایران در مورد «حفظ نظام» اظهار داشت: «من بارها عرض کردهام ما مخالف حفظ نظام نیستیم، اما... نظام را ما مىخواهیم که در سایه آن احکام اسلامى اجرا شود، نه این که به بهانه حفظ نظام احکام اسلامى و شرعى زیر پا گذاشته شود و مرادتان هم از نظام شخص باشد.»
وى با انتقاد از ضرب و شتم مردم و بهویژه زنان و دختران توسط ماموران امنیتى و بسیج در جریان سرکوب اعتراضهاى مردمى به نتایج انتخابات ریاست جمهوری در ایران افزود: «شما به چه مجوزى مردم را کتک مىزنید؟ براى این که شما را قبول ندارند؟! خب، قبول نداشته باشند. مگر شما خدایید یا پیامبرید؟ آن چه که شما به نام اسلام و دین انجام مىدهید موجب بدنامى براى اسلام مىشود. چرا با مردم تند و خشن برخورد مىکنید؟»
آیتالله منتظرى که بهویژه به دلیل «حمایتهایش از حقوق زندانیان و مخالفت با اعدامهاى بىرویه در زندانها» در دهه ۶۰ تندیس «تلاشگر حقوق بشر» را دریافت کرده با اشاره به تاکید قرآن بر نقش «نرمخو بودن پیامبر در گرایش مردم به وى» اظهار داشت: «شما آمدهاید خودىها را هم غیرخودى مىکنید، در حالى که قرآن مىگوید غیرخودىها را از خود کنید، با آنها مشورت کنید، دستور واقعى اسلام این است، نه آن چه آقایان به اسم اسلام انجام مىدهند و دستور مىدهند مردم را به قصد کشت بزنند.»
وى همچنین با اشاره به سخنان برخى از مقامهاى جمهورى اسلامى از جمله محمود احمدىنژاد در «مختومه» اعلام کردن پرونده انتخابات گفت: «اگر مختومه شد پس ادامه بازداشتها براى چه بود؟ مصاحبههاى تلویزیونى براى چه بود؟ اعترافگیرى چرا؟ محاکمه بر اساس اعترافات تحت فشار براى چه بود؟! مگر بازداشتىها به انتخابات مربوط نبودند؟ حالا که پروندهاش را بسته اعلام کردند، بازداشتىها را آزاد مىکردند، از آنها معذرتخواهى مىشد، چه بسا اوضاع به اینجا نمىرسید که هر روز ادامه پیدا کند.»
آیتالله منتظرى با متهم کردن رهبران جمهورى اسلامى به ایجاد تفرقه در جامعه «در عین دم زدن از وحدت» افزود: «اگر به دنبال آرامش و وحدت هستید براى چه بىگناهان را در بازداشت نگه داشتهاید و با فشار از آنها اعتراف مىگیرید و بر اساس همان اعترافها محاکمه مىکنید و احکام سنگین صادر مىکنید؟ مگر روایت نداریم که اعتراف تحت فشار و شکنجه و ارعاب اثرى ندارد؟ بدانید این اعترافها ذرهاى ارزش ندارد و بر خلاف موازین اسلام است.»
آیتالله منتظرى که به دلیل انتقادش از اعدام زندانیان در اواخر دهه ۶۰ از سوى آیتالله خمینى از قائم مقامى رهبرى برکنار شد، با نقل خاطرهاى از زمان بازداشت خود در دوران حکومت محمدرضا شاه پهلوى، برخورد حکومت وى با زندانیان را «عاقلانه» توصیف کرده و با اشاره به وضعیت بازداشتشدگان پس از انتخابات اظهار داشت: «این آقایان آقاى بهزاد نبوى را که داخل زندان نبود و براى عمل جراحى و معالجه چند روزى مرخصى داده بودند، در حال بیمارى به زندان عودت دادهاند. آیا این عمل عاقلانه است؟! یکى از هموطنان کردمان آقاى احسان فتاحیان را دفعه اول به ۱۰ سال زندان محکوم کردند، پس از تحمل زندان ایشان را به اعدام محکوم کردند! در حالى که دادگاه تجدیدنظر حق ندارد مجازات را تشدید کند. چون ۱۰ سال زندان از حداقل مجازات کمتر نبوده است و این حکم برخلاف قانون است.»
وى با بیان این که حتى امامان شیعه هم بدون توجه به راى مردم حکومت نمىکردند، بر لزوم احترام به حق آزادى انسانها تاکید کرده و افزود: «آیتالله خمینى در پاریس درباره آزادى مىگفتند، حتى کمونیستها هم در حکومت آینده ما حق اظهارنظر دارند. حالا که مسلمانها هم، حتى آنها که براى انقلاب زحمت کشیدند و زندان رفتهاند را از حق اظهارنظر محروم مىکنند، آنها را بازداشت مىکنند و به زور اعتراف مىگیرند که ما ضدانقلاب و ضدنظام هستیم!»
روز پنجشنبه ۱۹ آذر و همزمان با روز جهانى «حقوق بشر» ابراهیم یزدى، حبیبالله پیمان، عبدالفتاح سلطانى، محمدعلى دادخواه، تقى رحمانى، عبدالرضا تاجیک، عطاءالله شیرازى، حسین نورىزاده، امیر دلیرسانى و نرگس محمدى از فعالان و اعضاى کانون مدافعان حقوق بشر در ایران با حضور در منزل آیتالله منتظرى تندیسى از استوانه کورش را به عنوان نماد حمایت از حقوق بشر به وى تقدیم کردند.