محمد خاتمی رئیس‌جمهور سابق ایران نسبت به پیامدهای حکومت دوباره طالبان هشدار داد و گفت که «افغانستان، سرزمین کهن فرهنگ بشری، تمدن اسلامی و ادب فارسی در معرض تهدید بزرگ و پردامنهٔ اسلام طالبانی قرار گرفته است».
وی روز شنبه ۲۰ شهریور با انتشار بیانیه‌ای از «خطر ویرانگر آپارتاید قومی و فرهنگی و اجتماعی» حکومت طالبان گفت و تاکید کرد که «افکار عمومی جهانی نمی‌تواند و نباید به قوم زدایی، فرهنگ زدایی، زبان زدایی و جعل و تحریف ملیت و مذهب از سوی یک قدرت نظامی و سیاسی بی‌تفاوت باشد».
رئیس‌جمهور ایران سابق ایران با اشاره به اعتراضات مردمی در شهرهای مختلف افغانستان، مقاومت در منطقه پنجشیر را «دلیرانه، فداکارانه و مظلومانه» نامید و گفت، این مقاومت «در برابر تبدیل جامعه‌ای چند قومی، چند مذهبی و چند زبانی به امارتی تبعیض‌مدار و تک بعدی است و شگفت اینکه جامعه جهانی کم و بیش بی‌تفاوت در برابر این رویداد، ملت افغانستان را به حال خود واگذاشته است».
آقای خاتمی خواستار استقرار حکومتی بر اساس ضوابط عام دموکراتیک و منتهی به اراده و خواست همه مردم و حق تعیین سرنوشت برای همه قوم‌ها، طایفه‌ها و گروه‌ها و گرایش‌ها و عدم مداخله نیروهای خارجی در امور داخلی افغانستان شده است.
وی در ادامه با انتقاد از طالبان گفته است: «گروهی با قرار و مدارهای پشت پرده و در جریان یک توطئه و نیز در اثر ناکارآمدی و فساد آنان که می‌بایست از استقلال، آزادی و خیر و رفاه مردم دفاع کنند و نکردند، روی کار آمد.»
خاتمی در ادامه با اشاره به وعده‌های طالبان و ادعای این گروه نسبت به تغییر رویه سابق، گفته است انتظار دگرگونی ماهوی و حتی رویکردی در آنچه در گذشته تجربه شده است، انتظاری بیجا است و «آنچه امروز بر افغانستان می‌گذرد، می‌تواند مسأله آیندهٔ همه باشد».
