وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی با انتشار دومین اطلاعیه خود درباره حادثه تیراندازی در شاهچراغ شیراز، این‌گونه نوشت که «عنصر اصلی هدایت و هماهنگ‌کننده عملیات در داخل کشور، تبعه جمهوری آذربایجان بوده» است.
در این اطلاعیه وزارت اطلاعات که روز دوشنبه ۱۶ آبان منتشر شد، ادعا شده که این تبعه جمهوری آذربایجان از فرودگاه بین‌المللی حیدرعلی‌اف در باکو و از مرز هوایی وارد فرودگاه خمینی در تهران شده و سپس حضور خود در ایران را «به عنصر هماهنگ‌کننده در جمهوری آذربایجان اعلام» کرده بود.
این اطلاعیه هیچ اشاره‌ای به هویت این دو فرد که بنا بر ادعای وزارت اطلاعات، هماهنگی حمله به شاهچراغ را برعهده داشتند، نکرده است.
وزارت اطلاعات همچنین مدعی دستگیری در مجموع ۲۶ نفر از اتباع جمهوری آذربایجان، تاجیکستان و افغانستان به اتهام مشارکت در این حمله و برنامه‌ریزی برای دیگر «عملیات مشابه» از جمله در زاهدان شده است.
روز چهارشنبه چهارم آبان‌ماه، دقیقا در روز چهلم مهسا امینی، رسانه‌های حکومتی ایران گفتند که فردی مسلح در شاهچراغ شیراز، ۱۵ نفر را کشته و ۱۹ نفر دیگر را زخمی کرده است.
با وجود این که داعش با بیانیه‌ای در کانال تلگرامی خود مسئولیت این حمله را برعهده گرفت، اما در رسانه‌های اجتماعی و افکار عمومی، با اشاره به حادثه سینما رکس در پیش از انقلاب، این احتمال مطرح شد که ممکن است این اقدام کار خود حکومت برای بدنام کردن معترضان ایرانی باشد.
وزارت اطلاعات در اطلاعیه تازه خود به طرح چنین احتمالی واکنش نشان داده و آن را «اتهام ناجوانمردانه و خائنانه» خوانده است.
وزارت اطلاعات با تهدید کسانی که چنین احتمالی را مطرح کرده‌اند، آنان را به «مشارکت در سناریوی خون‌بار داعشی-صهیونیستی» متهم کرده است.
انتساب حمله مسلحانه شاهچراغ به اتباع آذربایجان چند روز پس از آن صورت می‌گیرد که باکو از بازداشت یک گروه مسلح و افراطی «وابسته به وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی» ایران خبر داده است.
دستگاه اطلاعاتی جمهوری آذربایجان سه‌شنبه دهم آبان، اعلام کرد این گروه ۱۹ نفره، تحت عنوان «جنبش اتحاد مسلمانان» در تهران، دمشق و حلب آموزش نظامی دیده است.
بر اساس این گزارش، یکی از افراد این گروه، اورخان اسدف است که سال گذشته دولت قبرس از بازداشت او به اتهام طراحی عملیات برای ترور چندین تاجر اسرائیلی در این کشور خبر داده بود.
روابط تهران و باکو در سال‌های اخیر پرتنش بوده و جمهوری اسلامی از روابط جمهوری آذربایجان با اسرائیل خشمگین است.
مردادماه، جرج دیک، سفیر اسرائیل در جمهوری آذربایجان، در درگیری لفظی جدیدی با عباس موسوی، همتای ایرانی خود در باکو، جمهوری اسلامی را متهم کرد که «می‌خواهد او را بکشد».
همچنین از دو سال پیش که آذربایجان و ارمنستان به مدت شش هفته در منطقه قره‌باغ با یکدیگر درگیر شدند، جمهوری اسلامی بارها آذربایجان را به آنچه تلاش برای تغییر در مرزهای جغرافیایی این منطقه خوانده، متهم کرده است.
