علی مطهری نایب رئیس مجلس با اشاره به اقامه نماز میت آیتالله خامنهای برای محمود هاشمی شاهرودی نوشت به نظر میرسد خوانده نشدن «خدایا ما به راستی چیزی جز خوبی از او نمیدانیم» برای اکبر هاشمی رفسنجانی موضعگیری او درباره اعتراضهای سال ۱۳۸۸ بود.
علی مطهری در توییتر خود نوشت: «رهبر انقلاب در نمازی که بر پیکر مرحوم آیتالله شاهرودی خواندند جمله "اللهم انّا لانعلم منه الا خیرا" را ذکر کردند اما در نماز بر پیکر مرحوم آیتالله هاشمی این جمله را نخواندند. به نظر میرسد علت آن نوع برخوردی است که این دو مرحوم درباره معترضان انتخابات سال ۸۸ داشتند.»
رهبر جمهوری اسلامی پس از اعتراضها به انتخابات ۱۳۸۸ به کرات از خواصی که با معترضان همراهی داشتند، به عنوان «بیبصیرت» یاد میکرد.