حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران، در پیامی خطاب به ابراهیم رئیسی انتصاب او را به ریاست قوه قضاییه تبریک گفت و این انتصاب را نشان «اعتماد رهبر» و «مدیریت شایسته» ابراهیم رئیسی در مسئولیت‌های پیشین‌اش در آن قوه عنوان کرد.
حسن روحانی همچنین با اشاره به آمادگی دولتش برای «همکاری و تعامل با آن قوه»، بر «استقلال دستگاه قضایی، به دور از ملاحظات حزبی و جناحی و بی‌اعتنا به فشار برخی از قدرت‌های رسانه‌ای و تبلیغی» تأکید کرده است.
ابراهیم رئیسی روز پنج‌شنبه با حکم آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، به عنوان رئیس جدید قوه قضاییه ایران جانشین صادق لاریجانی شد که به عنوان رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام منصوب شده است.
حسن روحانی و ابراهیم رئیسی در رقابت‌های انتخابات ریاست جمهوری سال ۹۶ رقیب یکدیگر بودند و انتقادهایی تند علیه یکدیگر به زبان آوردند.
از جمله حسن روحانی در یکی از همایش‌های انتخاباتی‌اش در همدان گفته بود: مردم در پای صندوق‌های رأی اعلام خواهند کرد به آنها که در طول ۳۸ سال «فقط اعدام و زندان بلد بودند» رأی نخواهند داد.
در سال ۶۷ که شمار زیادی از زندانیان سیاسی به دستور آیت‌الله روح‌الله خمینی به قتل رسیدند، ابراهیم رئیسی معاون دادستان تهران و یکی از اعضای هیأتی بود که تصمیم‌گیری درباره اعدام زندانیان به آنها واگذار شده بود.
آیت‌الله حسینعلی منتظری، از مراجع تقلید شیعه، در دیدار با اعضای این هیأت، آن اعدام‌ها را «بزرگ‌ترین جنایت در تاریخ جمهوری اسلامی» توصیف کرده بود.