عبدالحسین خسروپناه، رئیس پیشین مؤسسه «حکمت و فلسفه» ایران، می‌گوید علی خامنه‌ای به محسن فخری‌زاده توصیه کرده بود که حفاظت از خودش را «جدی بگیرد».
در ادامه روایت‌های مختلف از ترور این مقام هسته‌ای ایران، این نخستین بار است که چنین موضوعی مطرح می‌شود.
محسن فخری‌زاده مهابادی، روز جمعه، هفتم آذرماه، در «منطقه آبسرد» دماوند مورد سوءقصد قرار گرفته و کشته شد. مقام‌های سیاسی و نظامی ایران، اسرائیل را مسئول ترور محسن فخری زاده می‌دانند.
آقای خسروپناه با بیان این که «قطعاً» فخری‌زاده با رهبر جمهوری اسلامی «ارتباط» داشت در مصاحبه‌ای می‌گوید: که «یکی از تأکیدات» آقای خامنه‌ای به او «این بود که حفاظت خودش را جدی بگیرد؛ چون ظاهراً به حضرت آقا گفته بودند که ایشان رعایت نمی‌کند و جاهای مختلفی می‌رود.»
بیشتر در این باره: پنجمین روایت از ترور فخری‌زاده؛ گلوله‌ها از بدن محافظ رد شد و به فخری‌زاده خوردوی تاکید کرده که علی خامنه‌ای «سفارش و تأکید» داشته که آقای فخری‌زاده «مراقب مسائل امنیتی خودشان باشند.»
مقام‌های جمهوری اسلامی و رسانه‌های وابسته به سپاه پاسداران تاکنون روایت‌های مختلفی از کشته شدن فخری‌زاده بیان کرده‌اند.
از جمله علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران، از وجود یک برنامه ۲۰ ساله برای ترور این «دانشمند» هسته‌ای خبر داده و گفته بود: «به دلیل تواتر اخبار در طول این ۲۰ سال متاسفانه جدیت مورد نیاز اعمال نشد.»
شماری از تحلیلگران نیز معتقدند احتمال این که آقای فخری‌زاده بدون محافظ، تنها با همسر خود در خودرو بوده زیاد است.