وزیر امور خارجه ایران گفته است تحریم آیت‌الله خامنهای توسط دولت آمریکا می‌تواند «رعایت نکردن حق آزادی مذهب مسلمانان آمریکایی تلقی شود».
محمدجواد ظریف روز چهارشنبه در حاشیه مراسم بزرگداشت روز آفریقا در مصاحبه با خبرگزاری فارس، واشینگتن را به بیگانگی با اسلام و «روابط بین مرجعیت و پیروان‌شان» متهم کرده و گفته است اقدامات دولت آمریکا می‌تواند «بسیاری از مردم آمریکا را به لحاظ اجرای وظایف دینی‌شان در مضیقه» قرار دهد.
علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران، هم یادداشتی درباره «خطای شناخت» مقام‌های غربی درباره «نفوذ معنوی» خامنهای منتشر کرده و به مقام‌های غربی توصیه کرده که کتاب خاطرات رهبر جمهوری اسلامی را بخوانند.
حسن روحانی، رئیس‌جمهوری ایران، نیز روز چهارشنبه در جلسه هیات دولت با اشاره به موضوع «نفوذ معنوی رهبر جمهوری اسلامی»، از تحریم او توسط دولت آمریکا انتقاد کرده و گفته است: «رئیس‌جمهور آمریکا با اعتقاد مسلمان‌ها، مسأله مرجعیت و ولایت و رهبری که رهبر معنوی، فقهی و فتوایی مردم است، آشنا نیست».