دو سال پيش از برگزاری انتخابات رياست جمهوری سال ۸۸، در تيرماه سال ۸۶ مامورين وزارت اطلاعات او را به اتهام اقدام عليه امنيت ملی از طريق برپايی تجمعات و تبليغ عليه نظام بازداشت کردند، ۳۸ روز را در سلول انفرادی بند ۲۰۹ گذراند.

«چه کنند، اگر تحمل، نکنند زیردستان/ تو هر آن ستم که خواهی، بکنی که پادشاهی»،این بیت غزلی از سعدی است که علی جمالی، مسوول کمیته سیاسی سازمان دانش آموختگان ایران- ادوار تحکیم وحدت برصدر وبلاگ خود «علی کوچیکه» نشانده است.

آن‌ها که طعم حبس در بند ۳۵۰ زندان اوین را چشیده‌اند، خاطره مشترکی دارند از نوایی خوش که به مناسبت‌های مختلف روایتگر غم و شادی دیگر زندانیان سیاسی بند ۳۵۰ زندان اوین است

شايد اين برای نخستين بار بود که بيمارستان طالقانی تهران ميزبان بيماری دست و پا بسته به تخت بيمارستان بود که با دستبند و پابند به اتاق عمل می‌رفت. اين شرط مسئولان زندان با خانواده مهدی کوهکن بود تا با خرج خود برای درمان پای آسيب‌ديده‌اش به بيمارستان منتقل شود.

پای نامه هايی که امضا می کند و هر از گاهی از زندان به بيرون می فرستد با اين عناوين خود را معرفی می کند: «معلم، شاعر، نويسنده و زندانی سياسی».

درجه اجتهاد دارد و مدرس حوزه علميه قم بوده، زمانی که او را بازداشت کردند در دفتر آيت الله عبدالله جوادی آملی از مراجع تقليد شيعيان کار می کرد. او از شاگردان و مريدان آيت الله محمدکاظم شريعتمداری و از اشاعه‌دهندگان آثار و افکار اوست، با اين حال به محاربه با خدا متهم شده است.