پروتکل الحاقی و اجرای آن در ایران، روندی پرفراز و نشیب داشته است. در جریان مذاکرات اتمی در دوران ریاست جمهوری محمد خاتمی اجرای این پروتکل پذیرفته و به صورت داوطلبانه برای مدتی کوتاه اجرا شد و در پی شکست مذاکرات، نه تنها اجرای آن متوقف شد بلکه مجلس هفتم قانونی را نیز تصویب کرد که اجرای این پروتکل را منوط به تصویب مجلس کرد. دستیابی به برجام بار دیگر موجب شد که ایران پروتکل را به صورت داوطلبانه اجرا کند، اما حال نامه‌ای به آژانس بین‌المللی انرژی اتمی داده که حاکی از توقف اجرای آن در روزهای آینده است. مارک فیتزپاتریک ، تحلیلگر امور عدم اشاعه در واشینگتن در رابطه با این اقدام تازه ایران به پرسش‌های هاناکاویانی از رادیوفردا پاسخ داده است.