در ادامه مشاجره دولت و شورای نگهبان، سخنگوی دولت ایران در یادداشتی که روز شنبه، ۲۸ دی، در روزنامه ایران منتشر شد سخنگوی این شورا را به «توهین» کردن به رئيس جمهور متهم کرد.
علی ربیعی اظهارنظر عباسعلی کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان، را که گفته بود روحانی پیشگام «پروژه ضد ملی» جنجال درباره تایید صلاحیت‌هاست «تیری دیگر به پیکر وحدت ملی و آداب جمهوری» خوانده است.
او با تاکید بر این که نظارت کنونی که از سوی شورای نگهبان در انتخابات اعمال می‌شود، «ریشه در قانون اساسی ندارد» به کدخدایی توصیه کرد که «سخنران اقلیتی خاص» نباشد.
سخنگوی شورای نگهبان روز ۲۵ دی‌ماه در توییتی انتقاد از رد صلاحیت نامزدهای انتخابات مجلس شورای اسلامی را «پروژه‌ای ضدملی» توصیف کرد و در انتقادی تند حسن روحانی، رئیس جمهور، را «پیشگام» آن دانست.
شورای نگهبان نیز همان روز در بیانیه‌ای رسمی حسن روحانی را به «بی‌اطلاعی و ایجاد تنش» متهم کرد و خطاب به رئيس‌جمهور نوشت: «زیبنده یک مقام اجرایی رسمی نیست که بدون تحقیق و بی‌محابا درباره افراد فاقد صلاحیت سخن بگوید.»
حسن روحانی روز ۲۵ دی‌ماه گفته بود «عملکرد جناحی» این شورا در جریان بررسی صلاحیت کاندیداهای انتخابات مجلس «یک جناح و جمعیت بزرگ را مخالف» می‌کند.
شورای نگهبان مسئولیت تائید صلاحیت نامزدهای یازدهمین دوره انتخابات مجلس را که قرار است دوم اسفند برگزار شود، بر عهده دارد.